使用 pheatmap 进行聚类后，如何在热图中获取列和行的新顺序答案

【问题标题】：How can I get the new order of column and row in a heatmap after clusting using the pheatmap使用 pheatmap 进行聚类后，如何在热图中获取列和行的新顺序
【发布时间】：2015-04-28 12:52:03
【问题描述】：

我使用“pheatmap”包绘制了一张热图，并与行和列进行了聚类。但是，由于某种原因，我需要获取热图中的行顺序和列顺序。有没有一种方便的方法来做到这一点？这是一个 pheatmap 的示例。

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

pheatmap(test)

【问题讨论】：

标签： r cluster-analysis pheatmap

【解决方案1】：

我自己得到答案。

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

myheatmap <- pheatmap(test);
myheatmap$tree_row$order
#1  7  3  5  8  2 10  9  4  6 13 12 11 14 17 20 16 18 15 19

【讨论】：