包括一个图形及其标题而不包括情节（rmarkdown，knitr）

Question

我正在使用rmarkdown、knitr 和rticles package 撰写论文。本文将提交给PLOS ONE，我正在使用rticles R 包中提供的PLOS ONE LaTeX 模板。

PLOS ONE 要求图形标题出现在文本中（图形应该出现的地方），而图形要与主要手稿分开上传。

因此，我想知道是否有办法在使用knitr 生成的 PDF 文件中包含图形标题，而不包含绘图？

下面是所需结果的屏幕截图。 LaTeX 模板也可以在 Overleaf 上找到。

Answer 1

您可以隐藏情节（最初由 @duckmayer 建议）并在 LaTeX 包 caption 的帮助下添加标题：

---
title: Title of submission to PLOS journal
author:
  - name: Alice Anonymous
    email: alice@example.com
    affiliation: Some Institute of Technology
    corresponding: alice@example.com
address:
  - code: Some Institute of Technology
    address: Department, Street, City, State, Zip
abstract: |
  Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.

author_summary: |
  Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.

output: rticles::plos_article
header-includes:
  - \usepackage{caption}
---

# Introduction

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.

```{r pressure, echo=FALSE,  fig.show='hide', results='asis', fig.path="plots-"}
plot(pressure)
cat("\n\\captionof{figure}{Here is a figure caption.}\n")
```

结果：

在这种情况下，要提交的图形名称为plots-pressure-1.pdf

Answer 2

我会使用块选项 out.width 和 out.height 将最终输出中的绘图缩小到 0 x 0 尺寸。 （有关所有块选项，请参阅这个出色的文档：https://yihui.name/knitr/options/#plots）。

例如：

---
title: "SO Answer"
author: "duckmayr"
date: "9/24/2019"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

Here's how to make the figure with the caption but without the plot:

```{r pressure, fig.cap='Here is a figure caption.', out.width=0, out.height=0}
plot(pressure)
```

更新：绘图文件在哪里？

如果添加一行如

knitr::opts_chunk$set(fig.path = "figures/")

到上面的setup 块，绘图将保存在figures/ 子目录中。比如编织后

---
title: "SO Answer"
author: "duckmayr"
date: "9/24/2019"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(fig.path = "figures/")
```

Here's how to make the figure with the caption but without the plot:

```{r pressure, fig.cap='Here is a figure caption.', out.width=0, out.height=0}
plot(pressure)
```

我可以看到~/figures/中的文件：

[duckmayr@duckmayr-pc ~]$ ls ~/figures/
pressure-1.png

（由于您要编织成 PDF，默认情况下，您的绘图图像也将保存为 PDF，而不是 PNG）。