使用 ggplot2 创建流行病学直方图答案

【问题标题】：Creating epidemiological histogram using ggplot2使用 ggplot2 创建流行病学直方图
【发布时间】：2020-10-23 06:18:23
【问题描述】：

这是一些虚拟数据：

dummy <- data.frame(numbers = 1:5,
                    symptomdate  = as.Date(c("2012-08-30", "2012-08-30", "2012-08-31", "2012-09-01", "2012-09-01")),
                    reporteddate = as.Date(c("2012-09-02", "2012-09-03", "2012-09-05", "2012-09-07", "2012-09-08")),
                    dateofdeath   = as.Date(c("2012-09-10", NA, NA, NA, "2012-09-31")),
                    gender = c("Female", "Male", "Male","Female", "Male"),
                    position = c("Resident", "Staff", "Resident", "Staff", "Staff"), 
                    outbreakdate = as.Date(c("2012-08-31","2012-08-31","2012-08-31","2012-08-31","2012-08-31")))

这里有 5 个疾病病例，每个病例代表数据框中的一行。我想创建一个直方图，在 x 轴上标记症状日期，在 y 轴上标记病例数。我还想要一个堆积条形图，以便员工案例以一种颜色显示，而居民案例以另一种颜色显示。

这是我目前所拥有的，但我不确定如何将 y 轴设为计数（而不是使用 as.numeric，这不是我想要的）..

ggplot(dummy, aes(fill=position, y=as.numeric(symptomdate), x=symptomdate)) + 
  geom_bar(position="stack", stat="identity")

我也希望在图表中显示一个小标记，并带有“Oubreak date”的标签，即标记 2012 年 8 月 31 日的小线：*编辑，如下所示：line above outbreak date

非常感谢您！

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 histogram

【解决方案1】：

看起来它与 ggplot 问题有关：https://github.com/tidyverse/ggplot2/issues/4205。如果您为栏设置宽度，它应该可以工作

ggplot(dummy, aes(x=symptomdate, fill=position)) + 
  geom_bar(width=.9)

【讨论】：

非常感谢！虽然我有你，但知道如何解决第二个问题，即添加一个小标记以显示在图表中，并带有一个标有“Oubreak date”的标签，即标记 2012 年 8 月 31 日的一条小线？