R包“rgl”安装失败

Question

我在安装包“rgl”时遇到问题。

我也对打印的 g++ DNDEBUG 消息感到好奇（这些消息似乎每次我安装新软件包时都会出现）。

这是我尝试 install.packages("rgl") 时的打印输出：

* installing *source* package ‘rgl’ ...
** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E
checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed
checking whether __attribute__((visibility())) is supported... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -fvisibility... yes
checking whether  accepts -fvisibility... no
checking for libpng-config... yes
configure: using libpng-config
configure: using libpng dynamic linkage
checking for X... libraries , headers 
checking GL/gl.h usability... yes
checking GL/gl.h presence... yes
checking for GL/gl.h... yes
checking GL/glu.h usability... yes
checking GL/glu.h presence... yes
checking for GL/glu.h... yes
checking for glEnd in -lGL... yes
checking for gluProject in -lGLU... yes
checking for freetype-config... yes
configure: using Freetype and FTGL
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c ABCLineSet.cpp -o ABCLineSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c BBoxDeco.cpp -o BBoxDeco.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Background.cpp -o Background.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c ClipPlane.cpp -o ClipPlane.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Color.cpp -o Color.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Disposable.cpp -o Disposable.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Light.cpp -o Light.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c LineSet.cpp -o LineSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c LineStripSet.cpp -o LineStripSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Material.cpp -o Material.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c NULLgui.cpp -o NULLgui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c PlaneSet.cpp -o PlaneSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c PointSet.cpp -o PointSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c PrimitiveSet.cpp -o PrimitiveSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c RenderContext.cpp -o RenderContext.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Shape.cpp -o Shape.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c SphereMesh.cpp -o SphereMesh.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c SphereSet.cpp -o SphereSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c SpriteSet.cpp -o SpriteSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c String.cpp -o String.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Surface.cpp -o Surface.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c TextSet.cpp -o TextSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Texture.cpp -o Texture.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c Viewpoint.cpp -o Viewpoint.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c api.cpp -o api.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assert.cpp -o assert.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c callbacks.cpp -o callbacks.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c device.cpp -o device.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c devicemanager.cpp -o devicemanager.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fps.cpp -o fps.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c ftgl.cpp -o ftgl.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c geom.cpp -o geom.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c gl2ps.c -o gl2ps.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c glErrors.cpp -o glErrors.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c glgui.cpp -o glgui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c gui.cpp -o gui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c init.cpp -o init.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c par3d.cpp -o par3d.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c pixmap.cpp -o pixmap.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c platform.cpp -o platform.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c pretty.c -o pretty.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c render.cpp -o render.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c rglmath.cpp -o rglmath.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c rglview.cpp -o rglview.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c scene.cpp -o scene.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c select.cpp -o select.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c subscene.cpp -o subscene.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c win32gui.cpp -o win32gui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c win32lib.cpp -o win32lib.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c x11gui.cpp -o x11gui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext    -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c x11lib.cpp -o x11lib.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o rgl.so ABCLineSet.o BBoxDeco.o Background.o ClipPlane.o Color.o Disposable.o Light.o LineSet.o LineStripSet.o Material.o NULLgui.o PlaneSet.o PointSet.o PrimitiveSet.o RenderContext.o Shape.o SphereMesh.o SphereSet.o SpriteSet.o String.o Surface.o TextSet.o Texture.o Viewpoint.o api.o assert.o callbacks.o device.o devicemanager.o fps.o ftgl.o geom.o gl2ps.o glErrors.o glgui.o gui.o init.o par3d.o pixmap.o platform.o pretty.o render.o rglmath.o rglview.o scene.o select.o subscene.o win32gui.o win32lib.o x11gui.o x11lib.o -lGLU -lGL -L/home/alex/anaconda2/lib -lpng16 -lX11 -L/home/alex/anaconda2/lib -lfreetype -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs
** R
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so':
  libpng16.so.16: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/rgl’

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmpmv8O2Z/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rgl") :
installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status

和 sessionInfo()：

R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.3 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_CA.UTF-8        LC_COLLATE=en_CA.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_CA.UTF-8    LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] BiocInstaller_1.20.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.3 tcltk_3.2.3

和.libPaths()：

> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
[3] "/usr/lib/R/library"

Answer 1

从我们的讨论来看，这似乎是一个权限问题。

error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so':... 行表明您正在尝试将库安装到您无权写入的文件夹中。

您可以：

安装并手动指定一个库（推荐）

在install.packages() 中使用lib = 参数。当您在 Ubuntu 上时，如果在 64 位系统上，您的个人库很可能位于 ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library。

以 root 身份安装

您可以以 root 身份运行 R（从终端 sudo R）并将库安装到系统文件夹中。

.libPaths() 的问题

您的库路径似乎有问题。如果您从您的常用帐户（即不是sudo）运行.libPaths()，您的个人库应该首先列出，并且是安装包的默认位置。由于它似乎丢失了，您可以按照此答案中的说明附加您的个人库：https://stackoverflow.com/a/15170774/3022126

(注意：首先列出您的个人图书馆，使其成为默认位置，即.libPaths(c("~/R/...", .libPaths())