Nohup 使用 Anaconda ipython 失败答案

【问题标题】：Nohup failing with Anaconda ipythonNohup 使用 Anaconda ipython 失败
【发布时间】：2018-06-08 20:55:27
【问题描述】：

我正在尝试使用 Anaconda IPython 的“nohup”命令运行代码。如果我在 ipython 环境中运行它，我的代码运行良好（几个小时）；

irsacf00-debian:~/WISE_AP> ipython
Python 3.6.4 |Anaconda, Inc.| (default, Jan 16 2018, 18:10:19) 
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 6.2.1 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.

In [1]: %run WISE_PHOT_052918_MODULER_IRSACF.py

但是，当我尝试使用“nohup”运行相同的代码时，它会出现以下错误消息（最后 2 行）。这是从输出文件复制粘贴的。

[[0;31mOSError^[[0m: [Errno 5] Input/output error

In [2]: Do you really want to exit ([y]/n)?

我的 nohup 命令如下所示；

irsacf00-debian:~/WISE_AP> nohup ipython <input_file> output_file &

我的输入文件是这样的；

%run /home/aprakash/WISE_AP/WISE_PHOT_052918_MODULER_IRSACF.py

我无法弄清楚代码卡在哪里。感谢您的帮助！

最好，阿比

【问题讨论】：

你的 python 脚本是否从终端读取任何内容？
我对你的要求有点困惑，我确实在脚本中有一些子进程和打印语句。像这样; subprocess.run(['rm','-f','/home/aprakash/WISE_AP/url_list_dir_W1/merge_p1bm_frm']) subprocess.run(['rm','-f','/home/aprakash/WISE_AP/ url_list_dir_W2/merge_p1bm_frm']) #!rm -rf {url_list_dir_w1}/* #!rm -rf {url_list_dir_w2}/* print(i) print("图像和蒙版已移除。下一组将被下载用于下一个 AGN 位置")

标签： linux python-3.x anaconda nohup

【解决方案1】：

每当启动 Anaconda 环境时，它都会附着在您的 shell 上，从而使 ipython 可用。（默认环境也是如此。） nohup 的任务是从你启动它的 shell 中分离一个进程。

执行以下操作：编写一个 shell 脚本，首先将 conda 绑定到它的 shell，然后使用 ipython 启动您的程序。请注意，conda 不支持所有 shell，因此请使用 bash。我的版本是这样的：

#!/bin/bash
source /home/yOURuSERnAME/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate YourCondaEnvironment
ipython SomeProgramOfYours.py

（第一行强制执行必要的 conda 兼容 shell。第二行是我自己得到的 from Stackoverflow :) Here 是与第三行结合的另一种方法。第四行是您在自己的尝试中给出的 nohup。）

另存为 Filename.sh，开始使用 nohup：

chmod +x Filename.sh
nohup ./Filename.sh &

【讨论】：

【解决方案2】：

您也可以在下面的示例中的“eval”之后使用“&&”来“conda activate”。

注意：test.py '>' test.txt 之间的管道

nohup /bin/bash -c "source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && \
    eval $(${HOME}/miniconda3/bin/conda shell.bash hook) && \
    python test.py > test.txt 2>&1" &

【讨论】：