在 Anaconda 中安装 Orange3：g++ 和 libstdc++ 不匹配

Question

我正在运行 Fedora 25，它带有 gcc/g++/libstdc++ 版本 6.3.1。 我也在运行 Anaconda 4.3.1 版，它带有libstdc++ 6.0.19。

当我在 Anaconda 下安装 Orange3（通过说“pip install orange3”）时，一些文件是用 Fedoras g++ 编译的，但链接到 Anacondas libstdc++：

注意输出的第三行：

$ ldd ~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
linux-vdso.so.1 (0x00007ffe9b5a2000)
libpython3.6m.so.1.0 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libpython3.6m.so.1.0 (0x00007efc3a6ef000)
libstdc++.so.6 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libstdc++.so.6 (0x00007efc3a3d9000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007efc3a0ad000)
libgcc_s.so.1 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libgcc_s.so.1 (0x00007efc39e97000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007efc39c79000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007efc398b1000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007efc396ad000)
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x00007efc394aa000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007efc392a2000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055a3c43d1000)

这会导致问题，因为 6.3.1 和 6.0.19 之间存在差异。所以当我尝试使用散点图小部件时，我得到：

_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: __cxa_throw_bad_array_new_length

如果我 LD_PRELOAD Fedoras libstdc++，一切似乎都正常。 如果我在 Anaconda 之外安装 Orange3（通过使用 pip3 install --user orange3），它也可以工作。

我没有从 conda 存储库安装 Orange3 的原因是它已经过时了。

那么：我怎样才能使 Orange-files 链接针对我的 Fedora libstdc++？

Answer 1

为什么_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so 会从 ~/anaconda3/lib 中获取 libstdc++.so ？因为 RPATH：

(root)# chrpath -l /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
/conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: RPATH=/conda/lib

我猜，您可能已经安装了 conda 包 libgcc，而您在使用 pip 安装 Orange3 时没有安装 conda 包 gcc。于是就有了冲突。

您有以下选择：

1. 删除 libgcc：conda remove -y libgcc

2. 从 .so 文件中删除 RPATH

   (root)# chrpath -d /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
   (root)# chrpath -l /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
   /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: no rpath or runpath tag found.
   

3. 将RPATH 转换为RUNPATH：

   (root)# chrpath -c /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
   

   以便您以后可以通过以下方式覆盖它：

   LD_LIBRARY_PATH=/lib64 /path/to/python/program
   

4. 构建您自己的包。

我强烈反对选项 2 或 3。只有当其他包不依赖该包时，您才能执行 1。最好的解决方案是做 4，或者使用 conda-forge（截至目前，它有 v3.4.0）。

$ pip uninstall Orange3
$ conda install -c conda-forge orange3

您可以在https://github.com/conda-forge/orange3-feedstock/tree/master/recipe 上查看 orange3 的配方，将其修改为您想要的最新版本 (v3.4.1)，并将其上传到您自己在 anaconda.org 上的频道！