Matlab 引擎 Python - iPython 的 OSx Anaconda Segfault 或 DYLD_LIBRARY_PATH 错误答案

【问题标题】：Matlab Engine Python - OSx Anaconda Segfault or DYLD_LIBRARY_PATH error with iPythonMatlab 引擎 Python - iPython 的 OSx Anaconda Segfault 或 DYLD_LIBRARY_PATH 错误
【发布时间】：2015-08-09 20:56:24
【问题描述】：

在终端中安装matlab python包后使用：

cd "matlabroot\extern\engines\python"
python setup.py install

并尝试运行它，我得到一个段错误：

:~$ python
Python 2.7.10 |Anaconda 2.3.0 (x86_64)| (default, May 28 2015, 17:04:42) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://binstar.org
>>> import matlab.engine
Segmentation fault: 11

但是，我可以通过设置 DYLD_LIBRARY_PATH 来解决这个问题，之后 matlab.engine 可以工作：

:~$ export DYLD_LIBRARY_PATH=/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH
:~$ python
Python 2.7.6 (default, Sep  9 2014, 15:04:36) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 6.0 (clang-600.0.39)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import matlab.engine
>>> eng = matlab.engine.start_matlab()
>>> exit()

但是，当我之后尝试启动 iPython 时出现此错误：

Traceback (most recent call last):
  File "//anaconda/bin/ipython", line 4, in <module>
    from IPython import start_ipython
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/__init__.py", line 45, in <module>
    from .config.loader import Config
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/__init__.py", line 6, in <module>
    from .application import *
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/application.py", line 19, in <module>
    from IPython.config.configurable import SingletonConfigurable
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/configurable.py", line 12, in <module>
    from .loader import Config, LazyConfigValue
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/loader.py", line 16, in <module>
    from IPython.utils.path import filefind, get_ipython_dir
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/utils/path.py", line 14, in <module>
    import tempfile
  File "//anaconda/lib/python2.7/tempfile.py", line 32, in <module>
    import io as _io
  File "//anaconda/lib/python2.7/io.py", line 51, in <module>
    import _io
ImportError: dlopen(//anaconda/lib/python2.7/lib-dynload/_io.so, 2): Symbol not found: __PyErr_ReplaceException
  Referenced from: //anaconda/lib/python2.7/lib-dynload/_io.so
  Expected in: dynamic lookup

如您所见，python 版本不同。我认为这是我的系统 Python 和 Anaconda 之间的冲突，但我不确定如何解决它，非常感谢任何帮助。谢谢。

【问题讨论】：

我遇到了类似的问题 - 您找到解决方案了吗？
我发现这个类似的问题有一个解决方案 - 还没有尝试过。 stackoverflow.com/questions/33357739/….
会检查一下谢谢！
不，没有找到解决方案，所以如果它确实有效，请告诉我！
我为此头疼不已，因为即使在设置 DYLD_LIBRARY_PATH 之后它也不起作用。问题是我使用的是 iPython 而不是普通的 Python (2.7)，所以一旦我使用了 matlab.engine 就可以了。然而，后来发生的一个问题是 matlab.engine 的行为不是很好。如果嵌套函数在另一个文件夹中，则使用嵌套函数调用函数不起作用，并且它也找不到某些内置函数。现在，我刚刚编写了一个 matlab 脚本，它可以满足我从 matlab 中的需要，并通过 Pyhton 中的子进程运行它。

标签： python macos matlab anaconda matlab-engine

【解决方案1】：

您需要使用 conda 命令行安装实用程序安装库，而不是 python。 conda help search 和 conda help install 应该会让你继续前进。

【讨论】：

进一步解释：在命令行使用python可能是激活了内置的OSX Python。

【解决方案2】：

这不是一个直接的解决方案，但我遇到了同样的问题并使用了这个解决方法。 我应该说，我终于让matlab.engine 在我的 Python 环境中运行，但它实在是太糟糕了。它无法在其他文件夹中运行带有嵌入脚本的脚本，并且我也遇到过它找不到一些内置函数。以下是为 Unix 机器实现的，但我相信它不需要太多修改就可以在 Windows 上运行。

这就是我所做的：

编写了一个 Matlab 主脚本，它可以满足我对 Matlab 的所有需求。
通过Python 中的子进程运行该脚本。

就我而言，我需要对矩阵 X 进行一系列矩阵运算并返回矩阵 S。矩阵运算需要使用特定的 Matlab 函数。我的第一个想法是使用matlab.engine 打开一个 Matlab 会话，然后在 Python 中管理矩阵运算，仅在需要时调用 Matlab 函数。相反（如项目符号所示）我编写了一个 Matlab 函数 ComputeSimilarityMat，它接受 X，执行所有必要的操作，并返回 S。然后我基本上只是使用子进程从 Python 中运行了那个 Matlab 函数。

这是通过子进程管理 Matlab 脚本的 Python 脚本如下所示：

import subprocess
import numpy as np

def run_matlab(X):
    """Produce trait-similarity matrix S from a trait-space matrix X

    Parameters
    ----------
    X : numpy.ndarray

    Returns
    -------
    S : numpy.ndarray
    """

    # Dump input in .csv, so Matlab can load it
    np.savetxt('X.csv', X, delimiter=",")

    # Code executed in Matlab. Important to end with quit;
    matlab_code = "X=csvread('X.csv');" \
                  "S=ComputeSimilarityMat(X);" \
                  "csvwrite('S.csv',S);" \
                  "quit;"

    # -nosplash suppresses the splash window on startup
    matlab_call = ["matlab", "-nodesktop", "-nosplash", "-r", matlab_code]
    subprocess.call(matlab_call)

    # Load the .csv file that Matlab dumps after finishing
    S = np.genfromtxt('X.csv', delimiter=",")

    return S

我不得不说，我确信有一种更好的方法可以将对象传递给 Matlab，然后必须像这样保存和加载，但它对我有用。虽然仍然希望 matlab.engine 有所改进，但在那之前我会采用这种方法。

注意：要从命令行/子进程运行 Matlab，您需要将 Matlab bin 文件夹添加到 PATH 变量中，如下所示：

export PATH="/Applications/MATLAB_R2015a.app/bin:$PATH"

我只是把它放在我的 .profile 文件中。

【讨论】：

【解决方案3】：

在我的情况下，向 LD_LIBRARY_PATH（Ubuntu 的 DYLD_LIBRARY_PATH 版本）添加内容只会让事情变得更糟。相反，我必须确保它没有引用 Python 安装，并且必须从 /usr/lib 添加一个符号链接。见https://stackoverflow.com/a/45161288/2524427

【讨论】：