将 MKL 链接到 Anaconda 中已安装的 Numpy？答案

【问题标题】：Link MKL to an installed Numpy in Anaconda?将 MKL 链接到 Anaconda 中已安装的 Numpy？
【发布时间】：2015-04-01 13:41:56
【问题描述】：

>>> numpy.__config__.show()
atlas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
blas_opt_info:
    libraries = ['f77blas', 'cblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/home/admin/anaconda/lib']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
atlas_blas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
openblas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'f77blas', 'cblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/home/admin/anaconda/lib']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
openblas_lapack_info:
  NOT AVAILABLE
atlas_info:
    libraries = ['lapack', 'f77blas', 'cblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/home/admin/anaconda/lib']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
atlas_blas_info:
    libraries = ['f77blas', 'cblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/home/admin/anaconda/lib']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

这是 numpy.config.show()

而且这个 numpy 是基于 Anaconda 的。

在 /home/admin/anaconda/lib/python2.7/site-packages/numpy

同时，我在 /opt/intel/mkl 中安装了 MKL。

另外，当我将 Theano 与这个 Anaconda 和这个 numpy 一起使用时，我似乎可以使用 MKL。

谢谢~

【问题讨论】：

您是公认大学的学生吗？如果是这样，请注册学术许可证here 和conda install accelerate。
是的，链接到不同的 BLAS/LAPACK 的唯一方法是重新编译或获取不同的二进制文件。 Anaconda 学术许可证可让您获得更快的二进制文件。不过，从源代码编译 numpy 也不是很困难。
@jme 谢谢你的回答。是的，我是学生。但似乎，当我将 Theano 与这个 Anaconda 和这个 numpy 一起使用时，我可以使用 MKL。 Theano 不是基于 Numpy 的吗？
@IanH 谢谢你的回答。但似乎，当我将 Theano 与这个 Anaconda 和这个 numpy 一起使用时，我可以使用 MKL。 Theano 不是基于 Numpy 的吗？

标签： python numpy anaconda blas intel-mkl

【解决方案1】：

为此，您必须获取 Numpy source code 并在主文件夹中创建一个 site.cfg 文件，该文件告诉 Numpy 在哪里寻找 MKL 库。使用site.cfg.example 文件作为指导；在 MKL 上有一个部分应该告诉你你需要的确切行。

一旦你有一个site.cfg 文件，运行python setup.py config。这将吐出配置信息（它看起来像numpy.config.show() 的输出）。您应该在那里看到您的 MKL 库的路径（如果没有，您将不得不使用 site.cfg 文件，直到您这样做）。

然后，您可以使用python setup.py build 和python setup.py install 构建和安装。您可能需要先卸载旧的 Numpy。

我在installing Numpy with OpenBLAS 上有一篇博文。虽然你的情况有点不同，但我认为很多步骤是相似的。

【讨论】：