使用 docker-compose 为 Jupyter 和 RStudio 实例挂载卷

Question

我正在学习 Docker，并设法使用 docker-compose 创建一个 RStudio 实例 和一个 Jupyter Notebook 实例来构建图像。 虽然我可以登录并从实例创建脚本，但我注意到这些脚本没有“永久”保存，我无法在我的主文件夹 /home/rstudio_scripts 和 home/jupyter_scripts 中找到它们。

我了解到，为了使在这些实例中创建的脚本/数据即使在 docker 容器关闭后也能“持久化”，您需要挂载卷。

所以我尝试在下面的 docker-compose.yml 中挂载卷并为 RStudio 和 Jupyter 创建一个特定文件夹：

但显然有问题，因为文件夹和数据都没有出现。

我的 docker-compose.yml 和 RStudio 的 Dockerfile 都在一个名为 Docker 的文件夹中，我在这个文件夹中正在构建镜像 docker build -t general_docker .

我还希望在 Rstudio 或 Jupyter 实例中创建的任何数据都可以由两个实例读取/写入，但我不知道在容器运行后是否应该使用类似 chmod 777 ... 的东西。

非常感谢任何帮助！

编辑 1：让我附上更新后的 docker-compose.yml。以下允许我在主目录中创建一个名为 R_and_Jupyter_scripts 的新文件夹，其中包含我的所有脚本，可以在我的 Rstudio 实例和 Jupyter 笔记本中访问。但我希望从 Jupyter 或 RStudio 实例创建的任何新脚本在执行“docker-compose down”后都不会消失。我应该更改 docker-compose.yml 的哪一部分？

version: "3.5"
services:
  rstudio:
    environment:
      - USER=username
      - PASSWORD=password
    image: "rocker/tidyverse:latest"
    build:
     context: ./
     dockerfile: Dockerfile
    volumes:
      - $HOME/R_and_Jupyter_scripts:/home/rstudio/r_scripts
    container_name: rstudio
    ports:
     - 8787:8787

  jupyter:
    image: 'jupyter/datascience-notebook:latest'
    ports:
     - 8888:8888
    volumes:
      - $HOME/R_and_Jupyter_scripts:/home/jovyan/work
    container_name: jupyter

编辑 2：

我已经编辑了上面的代码，只在卷中写入绝对路径（见下文），但仍然没有做我需要的。

我从 RStudio 创建了一个文本文件 output.txt，当我创建 sudo find / -name "output.txt" 时，我希望该文件位于 /home/ec2-user/R_and_Jupyter_scripts 但它最终位于两个不同的地方，看起来像是仍在容器本身中的文件夹：

/var/lib/docker/overlay2/66513c53c04786298cac012ea032be58d434131ce04e73f75bf63ca1d0e358d6/diff/home/maxence/r_scripts/output.txt

和

/var/lib/docker/overlay2/66513c53c04786298cac012ea032be58d434131ce04e73f75bf63ca1d0e358d6/merged/home/maxence/r_scripts/output.txt

docker-compose.yml:

version: "3.5"
services:
  rstudio:
    environment:
      - USER=username
      - PASSWORD=password
    image: "rocker/tidyverse:latest"
    build:
     context: ./
     dockerfile: Dockerfile
    volumes:
      - /home/ec2-user/R_and_Jupyter_scripts:/home/rstudio/r_scripts
    container_name: rstudio
    ports:
     - 8787:8787

  jupyter:
    image: 'jupyter/datascience-notebook:latest'
    ports:
     - 8888:8888
    volumes:
      - /home/ec2-user/R_and_Jupyter_scripts:/home/jovyan/work
    container_name: jupyter

Answer 1

volume 定义在容器内部创建文件夹。如果要在 Docker 主机上挂载文件夹，则必须提供该主机文件夹的完整路径；仅相对本地文件夹名称是不够的。

您发布的配置使用“命名卷”，而不是安装主机卷。它的作用与磁盘映像足够接近；当您运行docker volume ls 时，Docker 将引用{PROJECT}_Docker 卷。这会将文件夹的内容保存在其他地方，除非通过安装在其他 Docker 容器中，否则通常无法访问。

如果您想托管卷挂载，请删除 Compose 文件末尾的 volumes: 部分，而是在每个服务定义中添加类似

volumes:
  - /home/ML_Enthousiast/my_project/Docker:/home/rstudio_scripts