R：Anova 数据 - 2^5 设计，有重复答案

【问题标题】：R: Anova Data - 2^5 Design, with replicatesR：Anova 数据 - 2^5 设计，有重复
【发布时间】：2013-06-17 19:01:31
【问题描述】：

我正在运行我希望使用 ANOVA 方法分析的模拟，但我只是在弄清楚如何设置它时遇到了问题。

我有一个 2^5 因子设计，所以我有 32 次实验运行，其中包含 32 种可能组合的适当 +/- 值。

但是，对于每种组合，我也有约 500 次重复。我通过模拟收集数据，所以我对每种组合只有 500 次不同的运行。

这会产生 500 个响应值的 32 个向量。我还有一个设计矩阵/向量，保存所有用作 5 个不同因素的 +/- 值。

我认为如果没有复制（为因子制作因子变量，拟合模型做方差分析等），这将是相对简单的，但我对如何设置数据矩阵来处理复制感到困惑。我的数据应该有一个 500x32 的矩阵吗？取我的回答的平均值？

谢谢

【问题讨论】：

【解决方案1】：

您几乎肯定需要一个 32x500 = 16000 行和 6 列（协变量为 5，响应为 1）的数据框。

数据框的布局如下：

x1 x2 x3 x4 x5 y
 0  0  0  0  0 *
 0  0  0  0  0 *
 ...

 1  0  0  0  0 *
 1  0  0  0  0 *
 ...

 0  1  0  0  0 *
 0  1  0  0  0 *
 ...

每个协变量模式被复制 500 次。您可以使用

df <- expand.grid(1:500, x1=0:1, x2=0:1, x3=0:1, x4=0:1, x5=0:1)[, -1]

然后把你的回应放在一边。

【讨论】：

【解决方案2】：

您的矩阵应该有 6 列和 2^5 * 500 = 16000 行。第一列是您的响应变量，我假设它是一个连续的数值变量。接下来的五列各代表一种治疗方法。

假设您正在测量植物高度对肥料和光照的反应。肥料要么加要么不加，光照要么高要么低。如果植物高度，您的回应。第一个处理列是“肥料”，包含 1 和 0。第二个处理列是“Light”，包含 1 和 0。

请注意，我所说的“治疗”并不是指“高光”和“低光”——该列仅用于“光”。

要进行方差分析，您可以执行以下操作：

aov(Height~Fertilizer*Light, data=Data)

基本上，Data 中的第一行将是“32 个 500 个响应值的向量”的列向量（即 rbind() 或 c() 这 32 个向量），接下来的 5 列应该是您的“设计矩阵/向量保存所有用作 5 个不同因素的 +/- 值”。

我希望这个描述有助于整理你的想法。

【讨论】：