为了后代，因为这花费了比应有的更多时间：
问题
@martin_schmelzer 的答案是正确的（没有测试@tarleb 的解决方案，因为 rmarkdown 据说不能与 Pandoc > 2.0 配合使用，请参阅：https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1471）。但是，当您在块上写入 echo=TRUE 时，输出代码未标记为 R 代码，因此适用不同的规则。在 HTML 中，这意味着它具有白色背景，而在 PDF 中，它仅通过逐字环境进行格式化。比如下面的markdown：
```{r, echo=TRUE}
foo = "bar"
foo
```
将是：
```r
foo = "bar"
foo
```
```
## [1] "foo"
```
虽然第一个块将被突出显示，但第二个块将仅以文本颜色跟随，但背景将始终为白色。这对于较暗的主题来说是非常有问题的，因为它们通常具有非常浅的文本颜色，并且这与白色背景不能很好地配合。请参阅：https://eranraviv.com/syntax-highlighting-style-in-rmarkdown/ 以了解 rmarkdown 突出显示样式的概述。
HTML 解决方案
在highlight.js 和pandoc 突出显示之间切换会使这变得更加复杂。如果未指定突出显示，highlight.js 将与关联的标签一起使用。突出显示是通过外部css 和.js 库完成的，然后（我认为）将它们散列到 HTML 中以使其独立。所以没有运气。
但是，如果使用了某些突出显示样式，则使用 pandoc 突出显示。即：
---
title = "Foo"
output:
html_document:
theme: readable
highlight: zenburn
---
在这种情况下，有解决方案。查看 HTML 输出，有这样的结构：
<style typetext/css">
pre:not([class]) {
background-color: white;
}
</style>
这意味着只要特定代码块中没有样式（仅适用于“echo”块，因为默认情况下 rmarkdown 假定为 R），背景是白色的。只需在 .Rmd 文件中包含以下块即可更改此行为：
```{css, echo = FALSE}
pre:not([class]) {
color: #333333;
background-color: #cccccc;
}
```
并且可以相应地完全指定它们的行为。这里的颜色和背景与 zenburn 风格相反。输出如下所示：
之前：
之后：
PDF解决方案
使用 PDF，查找问题要容易一些，但解决问题要复杂一些。如果查看.tex 文件，您会发现虽然所有具有实际代码的块在它们周围都有很多事情发生，但回显块仅包装在一个简单的逐字环境中。结果如下所示：
虽然它比 HTML 输出更具可读性，但由于它不共享由突出显示样式定义的文本颜色，它有点融入文本，并在输出中创建和打破统一样式的感觉。如上一个答案所述，解决方案是使用：
---
title: "Foo"
output:
pdf_document:
highlight: zenburn
includes:
in_header: highlight_echo.tex
---
还有一个利用包framed的构造：
\usepackage{xcolor}
\definecolor{backgroundecho}{HTML}{cccccc}
\definecolor{textecho}{HTML}{333333}
\let\oldverbatim=\verbatim
\let\oldendverbatim=\endverbatim
\makeatletter
\renewenvironment{verbatim}{
\def\FrameCommand{
\hskip-\fboxsep
\color{textecho}
\colorbox{backgroundecho}
}
\MakeFramed{\@setminipage}
\oldverbatim
}
{
\oldendverbatim
\vskip-2em\@minipagefalse % The size required for this negative space is probably in some variable
\endMakeFramed
}
\makeatother
这将verbatim 环境重新定义为具有彩色背景和彩色文本。结果是“回声”块的统一格式：
再次感谢@tarleb 和@martin_schmelzer，如果没有你们，我将无法解决这个问题！