将第一列设置为行名，尽管有重复

Question

 sample
      Symobls  IDs Value1 Value2 Value3
 1     NA      NA   3.1    2.3    1.7
 2     TP53   1234  5.8    6.9    10.1
 3     Kras   5678  0.1    0.3    0.5
 4     NA      NA   10.3   2.1    7.9
 5     Hras   9991  20.0   30.0   40.0
 6     TP53   1234  -3.1   0.2    1.7

我的桌子看起来像这样。 我需要按行或按列计算值。 所以，我尝试使用符号作为新的行名。这样，我可以使用 sample[,"Hras"] 计算整行值 尝试这样做时，我遇到了这个问题。

行名（样本）

row.names<-.data.frame(*tmp*, value = value) 中的错误： 不允许重复的“row.names” 另外：警告信息： 设置“row.names”时的非唯一值：“A1CF”、“A2M”、“A2ML1”、“AAGAB”、“AAK1”、“AAMDC”、“AARS2”、“AASDH”、“AASDHPPT”、“AASS” '，'ABAT'，'ABCA1'，'ABCA13'，'ABCA2'，'ABCA4'，'ABCA5'，'ABCA8'，'ABCA9'，'ABCB1'，'ABCB11'，'ABCB4'，'ABCB5'， 'ABCB6'、'ABCB8'、'ABCB9'、'ABCC1'、'ABCC10'、'ABCC11'、'ABCC12'、'ABCC13'、'ABCC3'、'ABCC4'、'ABCC5'、'ABCC6'、'ABCC8 '，'ABCC9'，'ABCD3'，'ABCD4'，'ABCE1'，'ABCF2'，'ABCG1'，'ABHD1'，'ABHD10'，'ABHD11'，'ABHD12'，'ABHD13'，'ABHD17B'， 'ABHD2'、'ABHD5'、'ABHD6'、'ABI1'、'ABI2'、'ABI3BP'、'ABL2'、'ABLIM1'、'ABLIM2'、'ABO'、'ABR'、'ABRA'、'ABTB1 '，'ABTB2'，'ACAA1'，'ACAA2'，'ACACA'，'ACACB'，'ACAD10'，'ACADL'，'ACADSB'，'ACAN'，'ACAP1'，'ACAP2'，'ACAP3'， 'ACAT1', �� [... 截断]

这是因为“NA”吗？其他选择？ 谢谢

这是一个微阵列数据集。我已经完成了标准化，并准备提取几个基因的值来执行绘图、互相关和 t 检验。事实上，不仅 NA，而且我将用于绘制图形的几个基因都有多行。所以，我需要将它们提取到另一个表中以备后用。

Answer 1

在这里，我只是按照您在问题中的要求回答一种更改row.names 的方法。最终目标尚不清楚。对于指定的问题，您可以尝试使用make.names 和选项unique=TRUE。这将确保重复项以不同的方式命名。在第一列中，有NA 值，它们将被命名为NA.、NA..1 等。（如果这对你来说可以的话）。

 row.names(sample) <- make.names(sample[,1],TRUE)

或者正如@Richard Scriven 所说，

row.names(sample) <- paste(make.unique(df[,1]))

另一种选择是将data.frame 转换为matrix（这将允许重复值）。只有当columns 属于同一类时，我才会推荐这个。例如，如果您有 character 和 numeric 列，这会将所有列转换为 character 类。在您的数据集中，在我看来，除了第一列之外，所有其他列都是数字（“IDs”列可能除外）。但同样NA 值将是一个问题。如果您想根据行名对“第一”或“第三”行进行子集化，这将很困难。

sample1 <- as.matrix(sample[,-1])
row.names(sample1) <- sample[,1]
sample1['Hras',]
#  IDs Value1 Value2 Value3 
#  9991     20     30     40