MonetDB 嵌入式 R 代码调试

Question

在我努力解决此处提到的问题时： MonetDB connect to GO.db within R code that is run in-database

我继续从 WGCNA 复制我需要的代码到我自己的包中并安装它。显然，我现在可以毫无问题地加载包（因为我不需要 GO.db 部分）。

但是，我似乎遇到了另一个问题：

服务器说'！运行 R 表达式时出错。错误信息：错误 .C("corFast", x = as.double(x), nrow = as.integer(nrow(x)), ncolx = as.integer(ncol(x)), : '.

我确实想使用 WGCNA 提供的更快的 cor 函数，但显然 C 调用现在产生了另一个问题。 不幸的是，该消息没有提供信息。我已经尝试以交互方式运行查询并将调试添加到语句中。这没有为我提供更多信息。

我可以做些什么来增加详细程度，以便我可以调试过程？

我也试过了：

options(monetdb.debug.query=F)

这导致在查询之前有一些额外的输出，但发生的错误没有额外的输出。

使用 Hannes Muehleisen 的建议，我补充说：

options(monetdb.debug.mapi=T)

它确实添加了更多信息，这让我可以更进一步。我现在遇到以下错误，似乎又被截断了。

QQ: 'SELECT * FROM cor_test();' TX: 'sSELECT * FROM cor_test(); ;接收： '! 运行 R 表达式时出错。错误消息：.C 中的错误（“corFast”，x = as.double(x), nrow = as.integer(nrow(x)), ncolx = as.integer(ncol(x)), : ! "corFast" 不适用于 .C() 包“.local（conn，语句，...）中的 MRMRF 错误：无法 执行语句'SELECT * FROM cor_test();'。服务器说'！错误 运行 R 表达式。错误信息：.C("corFast", x = as.double(x), nrow = as.integer(nrow(x)), ncolx = as.integer(ncol(x)), ：'。

Answer 1

是的，这是一个已知问题，仅返回错误消息的第一行。我们应该解决这个问题。我总是使用 stop(whatever) 从 UDF 中返回一些信息。