流水线切割排序 uniq答案

【问题标题】：Pipelining cut sort uniq流水线切割排序 uniq
【发布时间】：2017-08-16 03:05:34
【问题描述】：

尝试从 sam 文件中获取某个字段，对其进行排序，然后找到文件中唯一数字的数量。我一直在尝试：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt |  
uniq -c sortedfield2.txt

剪辑正在努力从字段二中提取数字，但是当尝试将数字排序到新文件或同一文件中时，我只是得到一个空白。我尝试将管道分成多个部分，但仍然出现相同的错误。我打算使用这三个函数来实现输出计数。

【问题讨论】：

嗯，好的。我们被告知管道是迭代的；当它完成一个部分时，它将继续进行下一个部分。谢谢你。
我不确定你学到了什么，但我认为你可能只是错过了一些要点（迭代在管道中甚至意味着什么？什么是“管道”？）。不用太担心，这一切都可以清除和学习，但是您可能需要考虑一段时间的 shell 管道和重定向。
相关（几乎重复，尽管答案会在问题本身）：stackoverflow.com/questions/21584727/… 和 stackoverflow.com/questions/9609322/…。

【解决方案1】：

使用

cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c

在您的原始代码中，您将cut 的输出重定向到field2.txt，同时尝试将输出通过管道传输到sort。那是行不通的（除非你使用tee）。要么将命令分隔为单独的命令（例如，使用;），要么不将输出重定向到文件。

下半场同上，您将输出写入sortedfield2.txt，因此最终没有任何内容进入stdout，也没有任何内容通过管道传输到uniq。

所以另一种可能是：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt

与

相同

cut -f 2 practice.sam > field2.txt 
sort -o field2.txt sortedfield2.txt 
uniq -c sortedfield2.txt

【讨论】：

【解决方案2】：

你可以使用这个命令：

cut -f 2 practise.sam | uniq | sort > sorted.txt

在您的代码中是错误的。错误是“没有这样的文件或目录”。因为管道。您可以在此链接了解它的使用方法

【讨论】：