您的系统必然由几个部分组成：
数据库存储 - 包含系统的所有必要信息、员工日程安排、时钟条目、用户信息等。听起来您已经基本完成了这些，但可能需要针对您的目的进行一些调整。
员工分配/管理界面 - 系统允许管理员或具有适当访问权限的人员为员工分配时间表、向系统添加新员工等。
Timeclock Frontend - 员工将使用它登录以查看他们的日程安排和打卡/打卡。
（可能）自动监控系统 - 如果您希望系统自动监控在职员工，并在他们的日程安排完成时将他们打卡，您将需要一个重复任务，一个每 X 分钟运行一次的脚本，并且将所需的员工打卡。
这不是一个快速简单的项目，但也不是很复杂。您需要避免的主要陷阱是自己编写整个代码的诱惑。乍一看，这似乎是个好主意，您只需要几个硬编码的页面，对吗？不过，相信我，这个过程总是以后来的严重头痛而告终。找到可以作为应用程序基础的框架。需要学习更多内容，但您将能够更多地专注于构建应用程序，而不是重新发明*。
对于 PHP，我强烈推荐 Symfony。它使用Doctrine 作为其ORM，这将使处理数据交互变得更加容易，而Twig 模板化，这远远优于直接混合PHP/HTML。 Symfony 有不错的文档和许多教程。 （以及一个活跃的 Stack Overflow 标签。）
无论您做出何种选择，最好的办法是选择一个框架来作为您的应用程序的基础，这将使众多的小设计决策变得更加容易。 （并且对于任何广泛使用的框架都不容易出错。）
如果没有围绕它们的系统，您的个人问题有点过于模糊，无法直接回答。不过，我会尝试为他们提供一些一般性建议。
我开始为我的员工开发一个高级管理后端面板，我目前的想法是使用 MySQLi 数据库来创建员工列表，以显示在 aPanel 上的简单日历中，如表格。
您可能想看看Full Calendar，一个不错的可自定义 JS 日历。
现在，高级部分是工作人员可以在名单上发布的时间/日期内点击“打卡”或“打卡”。
当员工登录应用程序时，应用程序将加载该员工的日程安排。如果他们有当前（或即将到来的）任务，请显示“打卡”表单。提交时，打卡表会将员工状态更改为打卡，并在与员工关联的时钟日志中插入一个时间戳。如果员工当前正在打卡，则改为显示一个打卡表格（可能带有轮班说明），它的作用大致相同，只是将状态切换为打卡。
系统不会让工作人员打卡，除非他们在一天中的那个时间在轮班表上。
在提交打卡表后检查这些事情是相当容易的。如果他们不应该打卡，则抛出错误。 （注意，永远不要假设提交前的验证就足够了。也就是说，不要依赖于“打卡”表单只会在员工可以打卡时显示的事实。
然后，我将可以访问面板的管理部分，让我查看工作人员在旷工或迟到等情况下打卡的小时数...并支付他们的费用以小时为单位记录。
在管理部分，您可以通过获取给定日期范围内给定员工的所有 Timeclock 日志、总工时以及与预期时间表进行比较来创建报告。
也许一些附加功能是他们在轮班结束时自动下班，或者系统会记录加班等？
在您的服务器上设置一个每隔 X 分钟运行一次的脚本（时间越短，分辨率越高，但会消耗更多资源）作为计划任务，检查每个打卡上班的员工，并让那些不应再打卡的员工下班。如果您使用 Symfony，我建议您为该作业创建一个 Custom Console Command。
希望这足以让您入门。如果您遇到任何更具体的问题，请随时返回。