从 R 调用 python 的 rpython 替代方案？答案

【问题标题】：rpython alternative for calling python from R?从 R 调用 python 的 rpython 替代方案？
【发布时间】：2017-03-02 18:48:04
【问题描述】：

我正在尝试使用rpython 从 R 调用 python。效果很好。现在我正在尝试将我的 R 代码安装到具有 4 个不同 python 的 docker 容器中。原来configure script 允许你指定 python 版本（RPYTHON_PYTHON_VERSION），但不能指定 Python 的路径。

那么，是否有替代的 R 包可以从 R 调用 Python？

【问题讨论】：

@hrbrmstr 这是一个相当蹩脚的被动攻击性反应，但如果您将其作为答案提交，我会接受。特别是我试过reticulate，感觉还不错。

标签： python r

【解决方案1】：

您可以使用 R 的 system2 函数将其作为 子进程 执行，以执行和捕获输出。

从 R 执行 Python 脚本的示例：

# run_splitstr.R
command = "python"

# Note the single + double quotes in the string (needed if paths have spaces)
path2script='"path/to your script/splitstr.py"'

# Build up args in a vector
string = "3523462---12413415---4577678---7967956---5456439"
pattern = "---"
args = c(string, pattern)

# Add path to script as first arg
allArgs = c(path2script, args)

output = system2(command, args=allArgs, stdout=TRUE)

print(paste("The Substrings are:\n", output))

要在字符向量中捕获标准输出（每个元素一行），必须在 system2 中指定 stdout=TRUE，否则只返回退出状态。当 stdout=TRUE 时，退出状态存储在名为“status”的属性中。

【讨论】：

谢谢，这是合理的。我想调用一个 Python 函数，而不是一个进程，但也许我必须缩减和更改。

【解决方案2】：

有reticulate 和basilisk。我相信只有后者，虽然不太成熟，但可以同时使用多个 python 版本/环境。

【讨论】：