系统命令输出错误答案

【问题标题】：error in system command to output系统命令输出错误
【发布时间】：2014-01-21 14:50:22
【问题描述】：

我想通过 perl 在循环中为输入文件（在 linux 中）运行 ext 软件（hmmer）命令。

我用了这条线

system "hmmbuild  $outfile $files";

其中 $outfile 是我的输出文件，而 $files 在我的输入文件中。 hmmbuild 是 ext 软件的命令。

当我运行程序时，它给了我输出文件 GLOB(0x1b94b220) 的错误代码。

谁能帮我解决我的错误以及如何纠正？

我也尝试了带有反引号和括号的 exec 命令。

这是我得到的确切输出消息。如何将结果打印到输出文件 ($outfile)？

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `hmmbuild --amino GLOB(0x11eb3220) aproNOG00001'

脚本放在这里..

 #!/usr/bin/perl
 use Bio::AlignIO;
 use Bio::Align::AlignI;

 my $allfiles= 'allfilenames_alpha_hmms.txt';
  system "module load hmmer/3.1b1";
print "loaded hmmer\n";
 open(FIH, $allfiles);
 while ($min=<FIH>)
{ chomp($min);   my @pats=split " ",$min;
     foreach my $files(@pats)  {

     print $files; print "\n";

open(my $outfile,  '>',"$prefix.hmm");  

system "hmmbuild --amino $outfile $files";

print $outfile;
print "file saved\n";

# }
  }
 }
  print "\n\n\n\t   ###\tDONE\t###   \n\n";

【问题讨论】：

用您使用的语言标记您的问题，在这种情况下是 Perl。
另外，GLOB 不是错误代码，这是您的结果。您需要阅读文档和/或示例。
$outfile 不是文件，而是变量。它的值不能是文件。这些可以在磁盘上找到。它可能应该是一个文件 name，但它似乎是一个文件 handle。
您可能使用open 使用$outfile 作为文件句柄（第一个参数）。您的程序很可能需要$outfile 中的文件名，而不是文件句柄。
明确地说，虽然它很可能需要一个文件名，但它绝对不需要文件句柄。除了字符串作为参数传递给程序是不可能的。

标签： perl command system output

【解决方案1】：

如何将结果打印到输出文件 ($outfile)

我认为hmmbuild 需要文件路径？传递文件的路径，而不是 $outfile 中的路径。

system "hmmbuild --amino $prefix.hmm $files";

【讨论】：

所以去掉open，改成system "hmmbuild --amino $prefix.hmm $files";
... 除了$prefix 似乎没有定义。