【问题标题】:Pandas convert a dataframe to a bed file?熊猫将数据框转换为床文件?
【发布时间】:2021-11-03 21:32:04
【问题描述】:

我使用 pandas.to_csv() 将 pandas 数据帧转换为 BED 文件:

pd.to_csv('xxx.bed', index=False, sep='\t', header=None)

我想知道这是否可以成功地将数据框转换为床文件,或者我只是将数据框导出为 csv 文件。

【问题讨论】:

  • 你能提供几行的例子吗?

标签: pandas export-to-csv bed


【解决方案1】:

Bed files 遵循固定宽度格式,因此to_csv 不会直接有用。

你有两个选择:

1- 将您的列转换为具有固定宽度的填充字符串,然后导出为 csv

2- 使用tablulate 导出为固定宽度(详见this answer

【讨论】:

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