将 metafor::rma 与 broom::tidy 一起使用？答案

【问题标题】：Using metafor::rma with broom::tidy?将 metafor::rma 与 broom::tidy 一起使用？
【发布时间】：2020-03-10 10:50:30
【问题描述】：

我是一个完整的 R 新手，想要做以下事情：

library(metafor)
library(broomExtra)

df <-
  escalc(
    measure = "RR",
    ai = tpos,
    bi = tneg,
    ci = cpos,
    di = cneg,
    data = dat.bcg
  )

meta_analysis <- rma(yi, vi, data = df, method = "EB")

meta_analysis

tidy(meta_analysis)

为什么tidy(meta_analysis)总是给我NULL？

【问题讨论】：

标签： r broom

【解决方案1】：

如果broom中没有tidier，你可以使用broomExtra::tidy_parameters函数：

library(metafor)
#> Loading required package: Matrix
#> Loading 'metafor' package (version 2.1-0). For an overview 

df <-
  escalc(
    measure = "RR",
    ai = tpos,
    bi = tneg,
    ci = cpos,
    di = cneg,
    data = dat.bcg
  )

meta_analysis <- rma(yi, vi, data = df, method = "EB")

broomExtra::tidy_parameters(meta_analysis)
#> # A tibble: 1 x 8
#>   term    type    estimate std.error statistic   p.value conf.low conf.high
#>   <chr>   <chr>      <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>     <dbl>
#> 1 overall summary   -0.715     0.181     -3.95 0.0000774    -1.07    -0.360

【讨论】：

【解决方案2】：

检查了文档 (?tidy)。对于rma 类的对象，似乎没有整洁的方法。来自broomExtra::tidy的文档：

检查给定对象是否存在整洁的方法，无论是在扫帚中还是在在 broom.mixed 中。如果是这样，它会将一个对象变成一个整洁的 tibble，如果不，返回 NULL。在数据帧的情况下，一个 tibble 数据帧是返回。

【讨论】：

非常感谢 -- 请注意，我的示例来自该网站，我认为该网站是整洁的文档：broom.tidyverse.org/reference/metafor_tidiers.html
这是否意味着该方法消失了？还是我做错了什么？
这是因为 metafor tidiers 仅存在于 GitHub 版本的 broom 而不是 CRAN 版本。
干得好，英德拉吉特。有同样的想法。示例代码使用 github 版本的 broom 以及您的 broomExtra 方法工作。