在ggplot2中使用for循环生成列表答案

【问题标题】：Use for loop in ggplot2 to generate a list在ggplot2中使用for循环生成列表
【发布时间】：2016-04-23 16:15:37
【问题描述】：

我想使用for loop 生成ggplots 的列表。

sig_snp<-c("rs644045_A","rs12997044_C","rs17739727_A")

p_re<-list() 

for ( i in sig_snp){
 test %>% dplyr::select(i,type,micro1) %>%
 ggplot(aes(factor(type),log(micor1) )) + 
 geom_boxplot(aes(fill = factor(i)))+
 xlab('')+ylab('log abundance')->p_re[[i]]
}

错误如下：

错误：所有 select() 输入必须解析为整数列位置。以下不： * 我

我以这种方式测试了 for 循环中的每个i：

   test %>% dplyr::select(rs644045_A,type,micro1) %>%
   ggplot(aes(factor(type),log(micor1) )) + 
   geom_boxplot(aes(fill = factor(rs644045_A)))+
   xlab('')+ylab('log abundance')

它单独工作，但为什么不能循环工作？

【问题讨论】：

test 在哪里？请展示一个可重现的例子
Info on how to give a reproducible example
我以为是语法问题：如何使for循环中的i被识别为不带引号的原始名称？当我在 for 循环中测试每个 i 时，它单独工作。
尝试使用 select_ 而不是 select
@GeorgeDontas 是的，select_ 在dplyr 中完全有效，但i 在ggplot 的循环中仍然未被识别为原始名称：.... ...fill = factor(i).........

标签： r ggplot2 dplyr

【解决方案1】：

棘手的部分是select_ 和get()：

get() 的答案来自这里：Remove quotes from a character vector in R

但是，就我而言，它在循环中不起作用。我认为这可能是由于我的代码中的双循环（我不确定）。

无论如何，还有另一种方法可以做到：

 test[,c(sig_snp,"type","micro1")]%>%
    melt(id=c("type","micro1"))%>% # head()
    ggplot(aes(factor(type),log(micro1) )) + 
    geom_boxplot(aes(fill = factor(value)))+
    xlab('')+ylab('log abundance')+facet_grid(.~variable)

我从这里Looping over variables in ggplot得到这个想法

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您需要将每个 SNP 的 ggplot 输出保留在列表中，最好使用 lapply 输出列表，例如：

library(ggplot2)

#dummy data
test <- mtcars

#significant SNPs
sig_snp <- c("mpg", "cyl", "disp")

#create list of ggplots per SNP
p_re <-
  lapply(sig_snp, function(i){

    ggplot(test, aes_string("qsec", i)) +
      geom_point()

    })

#assign names
names(p_re) <- sig_snp

#plot
p_re$mpg

【讨论】：