R：更改配色方案时ggplot2图例消失答案

【问题标题】：R: ggplot2 legend disappears when changing colour schemeR：更改配色方案时ggplot2图例消失
【发布时间】：2017-12-28 14:26:53
【问题描述】：

受this 帖子的启发，我尝试使用 Robinson 投影绘制世界地图，并在地图上添加彩色点。重新投影地图和点可以正常工作，但是由于某种我不明白的原因，我无法更改点的配色方案并保留图例。我尝试了以下方法：

首先我在这里获得了形状文件：land 和 graticules

library(rgdal)
library(ggplot2)
library(sp)
library(yarrr)

setwd('~/Documents/worldshapefiles') # this is where the shapefiles are

# read the shapefile for the simple worldmap
wmap <- readOGR(dsn = 'ne_110m_land', layer = 'ne_110m_land')
wmap_df <- fortify(wmap)

# get bounding box
bbox <- readOGR("ne_110m_graticules_all", layer="ne_110m_wgs84_bounding_box") # read bounding box
bbox_df<- fortify(bbox)

site_locs <- cbind.data.frame(x = c(-5, -3, -3, 58, -112), y = c(68, -37, 35, 19, -4), ocean = c('NAT', 'IND', 'MDX', 'SAT', 'PAC'))

coordinates(site_locs) <- c("x", "y") # convert to spatialpointsdataframe
proj4string(site_locs) <- CRS("+proj=longlat + datum=WGS84")

# reproject everything
bbox_robin <- spTransform(bbox, CRS("+proj=robin"))
bbox_robin_df <- fortify(bbox_robin)
wmap_robin <- spTransform(wmap, CRS("+proj=robin"))
wmap_df_robin <- fortify(wmap_robin)
site_locs_robin <- spTransform(site_locs, CRS('+proj=robin'))
site_locs_robin_df <- as.data.frame(site_locs_robin)

col_pal <- piratepal('espresso', length.out = 5)

# plot
ggplot(bbox_robin_df, aes(long,lat)) + 
  geom_polygon(data = wmap_df_robin, aes(long,lat, group = group, fill = hole)) + 
  geom_point(data = site_locs_robin_df, aes(x, y, colour = ocean)) +
  coord_equal() +
  geom_polygon(linetype = 'solid', fill = NA, colour = 'black', size = 0.5) +
  scale_fill_manual(values=c("black", "white"), guide="none")

这可以正常工作并生成以下图像：

但是，当我尝试更改色阶时：

ggplot(bbox_robin_df, aes(long,lat)) + 
  geom_polygon(data = wmap_df_robin, aes(long,lat, group = group, fill = hole)) + 
  geom_point(data = site_locs_robin_df, aes(x, y, colour = ocean)) +
  scale_colour_manual(values = col_pal) +
  coord_equal() +
  geom_polygon(linetype = 'solid', fill = NA, colour = 'black', size = 0.5) +
  scale_fill_manual(values=c("grey80", "white"), guide="none")

我收到以下警告 Removed 5 rows containing missing values (geom_point). 和一个空图。

当我像这样改变色标时：

ggplot(bbox_robin_df, aes(long,lat)) + 
  geom_polygon(data = wmap_df_robin, aes(long,lat, group = group, fill = hole)) + 
  geom_point(data = site_locs_robin_df, aes(x, y, colour = ocean), colour = col_pal) +
  scale_colour_manual(values = col_pal) +
  coord_equal() +
  geom_polygon(linetype = 'solid', fill = NA, colour = 'black', size = 0.5) +
  scale_fill_manual(values=c("grey80", "white"), guide="none")

颜色结果很好（在 col_pal 中指定），但我丢失了图例。

任何想法如何解决这个问题？还是其他方法？

实际上我还有更多的点，其中一些重叠，我想修正它们的绘制顺序（例如 SAT 在 IND 之上）。我该怎么做？

【问题讨论】：

您需要使用scale_color_manual(values=col_pal) 更改调色板而不更改代码中的任何其他内容。
@ClausWilke 谢谢，但我已经尝试过了，但收到警告“删除了 5 行包含缺失值 (geom_point)。”这导致一个空的情节
为了让任何人都有机会弄清楚发生了什么，您必须提供您编写的无效代码以及您的 shapefile。例如，您可以将它们作为要点上传。 gist.github.com
@ClausWilke 道歉，我编辑了这个问题。感谢您的帮助
我修复了色标问题。点顺序应该作为一个单独的问题提出，我建议您将其归结为minimal example.

标签： r ggplot2 map-projections

【解决方案1】：

问题在于piratepal() 返回一个命名的颜色向量，而scale_color_manual() 将名称解释为比例中断：

> piratepal('espresso', length.out = 5)
       blue      yellow         red       green      orange 
"#2366C0FF" "#E9D738FF" "#B91226FF" "#A3DA4BFF" "#FF6435FF"

由于您的数据中不存在这些中断，因此将删除这些点。

解决方法是取消颜色命名：

col_pal <- unname(piratepal('espresso', length.out = 5))

ggplot(bbox_robin_df, aes(long,lat)) + 
  geom_polygon(data = wmap_df_robin, aes(long,lat, group = group, fill = hole)) + 
  geom_point(data = site_locs_robin_df, aes(x, y, colour = ocean)) +
  scale_colour_manual(values = col_pal) +
  coord_equal() +
  geom_polygon(linetype = 'solid', fill = NA, colour = 'black', size = 0.5) +
  scale_fill_manual(values=c("grey80", "white"), guide="none")

【讨论】：