微调 R 格子包中的点图

Question

我正在尝试为不同的数据集和不同的算法绘制一堆 ROC 区域。 我有三个变量：“方案”指定使用的算法，“数据集”是正在测试算法的数据集，以及“Area_under_ROC”。

我在 R 中使用 lattice 库，命令如下：

dotplot(Scheme ~ Area_under_ROC | Dataset, data = simulationSummary, layout = c(4,6))

这就是我得到的：

dotplot of Scheme vs. Area_under_ROC conditioned on Dataset

我想知道的是

• 如何使 y 轴上的标签可读？现在，它们都挤在一起了。
• 如何重新排列面板，使标有“100”的数据集形成最后一列，而其他列保持不变？

我非常感谢任何 cmets 或指针。 非常感谢！

Answer 1

一些想法：

1. 为 y 轴标签使用较小的字体，例如scale=list(y=list(cex=.6))。另一种方法是保持统一的字体大小，但将输出分隔在几个页面上（这可以通过layout= 进行控制），或者可能更好地显示来自同一数据集的所有数据（A 到 F，因此 4 分每个算法）或通过带有group= 选项的样本大小（10 到 100，因此每个算法为 6 分）。我个人会为此创建两个因素，sample.size 和 dataset.type。

2. 重新调整因子Dataset，以便您感兴趣的数据集出现在layout 将放置它们的位置，或者（更好！）使用index.cond 为您的24 个面板指定特定排列。例如，

   dfrm <- data.frame(algo=gl(11, 1, 11*24, labels=paste("algo", 1:11, sep="")), 
                      type=gl(24, 11, 11*24, labels=paste("type", 1:24, sep="")),
                      roc=runif(11*24))
   p <- dotplot(algo ~ roc | type, dfrm, layout=c(4,6), scale=list(y=list(cex=.4)))
   

   将按顺序排列面板，从左下角到右上角（type1 在左下角，type24 在右上角），而

   update(p, index.cond=list(24:1))
   

   将以相反的顺序排列面板。只需指定带有预期面板位置的list。

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这是我对第 1 点的想法以及使用两个因素而不是一个因素的示例。让我们生成另一个人工数据集：

dfrm <- data.frame(algo=gl(11, 1, 11*24, labels=paste("algo", 1:11, sep="")),
                   dataset=gl(6, 11, 11*24, labels=LETTERS[1:6]),
                   ssize=gl(4, 11*6, 11*24, labels=c(10,25,50,100)), 
                   roc=runif(11*24))
xtabs(~ dataset + ssize, dfrm)  # to check allocation of factor levels 
dotplot(algo ~ roc | dataset, data=dfrm, group=ssize, type="l", 
        auto.key=list(space="top", column=4, cex=.8, title="Sample size", 
                      cex.title=1, lines=TRUE, points=FALSE))

Answer 2

除了chl answer 将Dataset 类型拆分为类型和大小后，您还可以使用latticeExtra 包中的useOuterStrips 函数。

要为标签腾出更多空间，您可以“转置”绘图。

# prepare data:
simulationSummary$Dataset_type <- substr(simulationSummary$Dataset, 1, 5)
simulationSummary$Dataset_size <- substr(simulationSummary$Dataset, 6, 10)

# to gets proper order force factor levels:
simulationSummary$Dataset_size <- factor(simulationSummary$Dataset_size,
    levels = c("10", "25", "50", "100"))

library(latticeExtra)
useOuterStrips(dotplot(
     Scheme ~ Area_under_ROC | Dataset_type*Dataset_size,
     data = simulationSummary,
     layout = c(4,6)
))

或者使用垂直点图：

useOuterStrips(dotplot(
     Area_under_ROC ~ Scheme | Dataset_size*Dataset_type,
     data = simulationSummary, horizontal=FALSE,
     layout = c(4,6), scales=list(x=list(rot=90))
))