将函数应用于数据帧子集中的所有成对行组合答案

【问题标题】：Applying a function to all pairwise combination of rows in a subset of a data frame将函数应用于数据帧子集中的所有成对行组合
【发布时间】：2020-06-07 10:16:24
【问题描述】：

假设我有下面的数据框。如何将一些任意函数应用于数据框子集中的所有成对行组合？例如，我如何仅计算标记为“red..”的列的标记为（alpha、beta、gamma）的每个组合的平均值？因为这只是一个例子，我希望找到平均值的只有 3 对数字组合：(1, 0, 6) & (7, 2, 10) 的平均值，(1, 0, 6) & (6, 3, 11) 和 (7, 2, 10) & (6, 3, 11)。但我正在寻找可以应用于特定子集中更多行/列的代码，这可能是 100 对成对组合（没有重复/重复组合）。谢谢！

df <- read.csv("test.csv", row.names = 1, header = TRUE)
df
      red.1 red.2 red.3 yellow.1 yellow.2
alpha     1     0     6       56       59
beta      7     2    10       59       64
gamma     6     3    11      100      105
pi     1009  2104   290        6        5

【问题讨论】：

标签： r function dataframe apply

【解决方案1】：

您可以编写一个函数，根据行名选择行，根据名称中的模式选择列，将它们逐行拆分，创建它们的所有可能组合，一次取 2 个并计算每个组合的 mean。

get_average <- function(data, row, col_pattern) {
  combn(asplit(data[row, grep(col_pattern, names(data))], 1), 2, 
               function(x) mean(unlist(x)))
}

然后我们可以将行名和列名模式传递给这个函数。

get_average(df, c('alpha', 'beta', 'gamma'), 'red')
#[1] 4.3 4.5 6.5

要获得每个组合之间的相关性，我们可以这样做：

PCC <- function(data, row, col_pattern) {
   combn(asplit(data[row, grep(col_pattern, names(data))], 1), 2,
          function(x) cor(x[[1]], x[[2]]))
}

PCC(df, c('alpha', 'beta', 'gamma'), 'red')
#[1] 0.87 0.98 0.96

数据

df <- structure(list(red.1 = c(1L, 7L, 6L, 1009L), red.2 = c(0L, 2L, 
3L, 2104L), red.3 = c(6L, 10L, 11L, 290L), yellow.1 = c(56L, 
59L, 100L, 6L), yellow.2 = c(59L, 64L, 105L, 5L)), class = 
"data.frame", row.names = c("alpha", "beta", "gamma", "pi"))

【讨论】：

我正在尝试将函数更改为“cor”而不是“mean”。但是我收到一个错误，@Ronak Shah 有什么想法吗？ cor
@Abigail575 请给函数起一个不同的名字，cor 已经是一个函数了。
感谢您的回复。这个可以吗？ PCC
谢谢！但是当我运行它时（在运行“数据”之后）我得到： grep 中的错误（col_pattern，名称（数据））：缺少参数“col_pattern”，没有默认值
你确定你正确地传递了参数而没有任何错字吗？您的错误消息说您没有传递 col_pattern 参数。它对我有用，如我共享的数据的答案所示。