将两个数据框折叠成一个，其中条目被连接起来答案

【问题标题】：Collapse two data frames into one where entries get concatenated将两个数据框折叠成一个，其中条目被连接起来
【发布时间】：2020-09-08 13:58:46
【问题描述】：

我有两个具有相同 row.names 和 colnames 的数据框。但是，每个字段中的条目在两个 data.frame 之间有所不同。

像下面这样的结构：

df1 = data.frame(SETD2 = c('AMP', NA, ''), PIK3CA = c('', 'AMP', 'AMP'))

row.names(df1) = c('Sample1', 'Sample2', 'Sample3')

df2 = data.frame(SETD2 = c('', 'Nonstop', 'truncating'), PIK3CA = c('nonsense', 'InFrame', ''))

row.names(df2) = c('Sample1', 'Sample2', 'Sample3')

我只是在寻找一种简单的解决方案，将这两个数据帧合并为一个数据帧，其中所需的输出看起来就像

df3 = data.frame(SETD2 = c('AMP;', 'NA;NonStop', 'truncating'), PIK3CA = c('nonsense', 'AMP;InFrame', 'AMP;')

如您所见，只是各个条目被合并并由 ';'

非常感谢，克里斯。

【问题讨论】：

标签： r dataframe merge

【解决方案1】：

这些仅使用基本 R。

1) 我们首先在两个数据帧上使用Map 到paste 给出列表L 然后replace df1 条目将L 转换为数据框架。

L <- Map(function(...) paste(..., sep = ";"), df1, df2)
replace(df1, TRUE, L)

将最后一行替换为：

out <- df1
out[] <- L

或者用这个：

as.data.frame(L, row.names = rownames(df1))

在每种情况下，我们得到：

              SETD2      PIK3CA
Sample1        AMP;   ;nonsense
Sample2  NA;Nonstop AMP;InFrame
Sample3 ;truncating        AMP;

2) 另一种方法是将df1 和df2 都转换为矩阵，因为它们可以并行粘贴。我们将它们粘贴在一起给出字符向量p，然后使用replace 或out[]<-，如（1）所示。此替代方法不使用 Map 或类似名称。

p <- paste(as.matrix(df1), as.matrix(df2), sep = ";")
replace(df1, TRUE, p)

或将上面的最后一行替换为：

out <- df1
out[] <- p

【讨论】：

非常感谢 :) 我能想到的最有效的方法 ~ 效果很好，但是 row.names() 没有被保留......但是，可以这样生活:) 谢谢，chir。
添加了变体。现在全部设置行名。

【解决方案2】：

我会建议使用paste0() 和bind_rows() 接近您想要的tidyverse 方法。代码如下：

library(tidyverse)
#Code
bind_rows(df1 %>% mutate(id=row_number()),df2 %>% mutate(id=row_number())) %>%
  group_by(id) %>%
  summarise(SETD2=paste0(SETD2,collapse = ';'),
            PIK3CA=paste0(PIK3CA,collapse = ';')) %>% select(-id)

输出：

# A tibble: 3 x 2
  SETD2       PIK3CA     
  <chr>       <chr>      
1 AMP;        ;nonsense  
2 NA;Nonstop  AMP;InFrame
3 ;truncating AMP;

【讨论】：