如何在距离矩阵中传输成对距离值

Question

我对 Matlab 很陌生，现在我想使用 matlab 做一些聚类工作。 如果我有 3 列值

id1 id2 distvalue1

id1 id3 distvalue2 ....

id2 id4 distvalue i .....

总共 5000 个 id，但一些 id 对缺少距离值 在 python 中，我可以循环将这些距离值导入矩阵形式。我怎么能在matlab中做到这一点？ 并让matlab知道id1,...idx是标识，第三列是值

谢谢！

Answer 1

基于 cmets，您知道如何将数据转换为 N x 3 矩阵的形式，称为 X，其中X(:,1) 是第一个索引，X(:,2) 是第二个索引，X(:,3) 是对应的距离。

假设索引 (id1...idx) 是任意数字标签。

那么我们可以这样做：

% First, build a list of all the unique indices    
indx = unique([X(:,1); X(:,2)]);
Nindx = length(indx);

% Second, initialize an empty connection matrix, C
C = zeros(Nindx, Nindx);  %or you could use NaN(Nindx, Nindx)

% Third, loop over the rows of X, and map them to points in the matrix C
for n = 1:size(X,1)
     row = find(X(n,1) == indx);
     col = find(X(n,2) == indx);
     C(row,col) = X(n,3);
end

这不是最有效的方法（即以矢量化的方式将 X 的索引重新映射到范围 [1...Nindx]），但对于 5000 个 id 应该没问题。

如果您最终要处理大量唯一索引，其中只有极少数索引对分配了距离值，那么您可能需要考虑使用稀疏矩阵 -- 尝试使用 help sparse -- 代替预分配一个大的零矩阵。