如何从向量中删除整数（0）？

Question

我有两个大矩阵，我想计算两者之间的相似度分数。但是，这些矩阵中有一些列包含间隙，所以我所做的是编写一个函数，该函数创建一个得分矩阵（1 表示相似度，0 表示不相似度）然后从矩阵创建 gaps 和 nogaps 向量并计算得分相应地
函数的打分部分见下图

  ScoreMat <- align1 == align2

  #find gaps and nogaps
  gaps   <- which(align1 == "-", arr.in=TRUE)
  gaps   <- gaps[,2]
  gaps   <-gaps[!duplicated(gaps) ]
  nogaps <- 1:ncol(align1)
  nogaps <- nogaps[-gaps]

  #split ScoreMat into gaps and nogaps matrices
  ScoreMatgaps     <- ScoreMat[,gaps]
  ScoreMatNogaps   <- ScoreMat[,nogaps]

  #calculate score
  gapScore   <- rowSums(ScoreMatgaps)
  nogapScore <- rowSums(ScoreMatNogaps)
  score      <- cbind(gapScore,nogapScore)

当我想对我比其他人更感兴趣的特定列范围进行评分时，问题就开始了。因此，更大的函数包含有关如何对这些特定范围进行评分的行。但是，其中一些范围包含间隙，而另一些则没有。因此，对于有间隙的范围，该功能可以正常工作。但是对于没有间隙的范围，gaps 向量返回为integer(0)，并且由于某种原因，nogaps 向量也给出了该结果。

我尝试解决这个问题包括使用如下 if 语句：

  gaps   <- which(align1 == "-", arr.in=TRUE)
  gaps   <- gaps[,2]
  gaps   <- gaps[!duplicated(gaps) ]
  nogaps <- 1:ncol(align1)
  nogaps <- ifelse (length(gaps) == 0, nogaps, nogaps[-gaps])

但这会导致nogaps 等于 1

为什么 if 语句会给出这个结果，我该如何解决？

提前致谢

Answer 1

注意在 [ 运算符中使用负索引。我强烈建议尽量避免使用它们。我不会具体谈论您的问题，因为您没有提供可重现的示例。另一方面，我想问题来自以下。假设我有一个向量，我想删除负值。我可以做到以下几点：

v<-rnorm(100)
indices<-which(v<0)
v<-v[-indices]

以上工作正常。现在假设没有负值，所以你想保留整个向量。如果您按照上述程序进行操作会怎样？

v<-1:10
indices<-which(v<0)
v<-v[-indices]
v
#integer(0)

我们什么都没有！请记住，x[-integer(0)] 产生一个长度为 0 的向量。解决方案？而不是您要删除的元素，请说明您要保留的元素！非常简单。像这样：

#state the opposite condition
indices<-which(v>=0)
v<-v[indices]

这适用于任何情况。我的猜测是您的问题来自nogaps[-gaps] 和类似的行。