Bnlearn：预测多个节点值答案

【问题标题】：Bnlearn: Predicting multiple node valuesBnlearn：预测多个节点值
【发布时间】：2015-05-05 17:54:49
【问题描述】：

我正在使用 r 包“bnlearn”来处理我构建的贝叶斯网络：

bn.gs <- gs(x = dat, cluster = NULL, whitelist = wl, blacklist = bl, test = NULL, alpha = 0.05, B = NULL, debug = FALSE, optimized = TRUE, strict = FALSE, undirected = FALSE)

它给了我一个很好的情节，一切似乎都很好。所有变量都是连续的，介于 -1 和 1 之间。喂养变量（没有父母的变量）生成如下（N = 1000）：

A <- runif(N, min=-1, max=1)

假设我的变量是 A、B、... Z，并且我知道 C、G 和 M 的值。现在我想预测其余节点的值（A、B、D , ...) 给定 C、G 和 M。就我而言，predict() 一次只适用于一个节点。

有没有一种方法可以同时预测多个节点，或者我是否应该通过一次对每个节点应用 predict() 来获得正确的值？给定“C”的值，我已经尝试预测节点“A”的值：

predict(bn.gs, node = "A", testdata, debug = TRUE)

其中 testdata 是这种形式的数据框：

A    B    C    D    E    ...
0.0  0.0  0.7  0.0  0.0  ...

但我明白了：

* predicting values for node A.
  > prediction for observation 1 is nan with predictor:
    (0.000000) + (0.000000) * (nan) + (0.000000) * (nan)
[1] NA

我很肯定我在这里做错了什么。在我的网络中有弧 C -> S -> A。“nan”也很奇怪，因为我的网络应该定义明确。

已经谢谢你了:)。

【问题讨论】：

据我所知，在 bnlearn 中无法一次预测多个节点。您的选择是在 bnlearn 中使用循环或应用功能，或者下载 Genie（不同的软件）。 Genie 可以一次调整所有节点的概率。

标签： r predict bayesian-networks

【解决方案1】：

以防其他人也可能寻找答案，我确实通过使用 rbmn 包解决了这个问题。使用 bnlearn 创建 bn 对象后，我做了以下操作：

my.bn.par <- bn.fit(x = bn.gs, data = dat)

library("rbmn")

my.bn.par.rbmn <- bnfit2nbn(my.bn.par)
print8nbn(my.bn.par.rbmn)
my.bn.par.mn <- nbn2mn(my.bn.par.rbmn)

# This is the names vector for my nodes:
names <- c("A","B","C","D","E")

# Names of given variables
obsnames <- c("C","E")

# Values for given variables
obsval <- c(0.51,-0.24)

# Names of variables to be predicted
prednames <- setdiff(names, obsnames)

# Then predict all the unknown variables
print8mn(condi4joint(my.bn.par.mn, par = prednames, pour = obsnames, x2 = obsval))

Marco Scutari 的《贝叶斯网络》一书中介绍了该方法。

【讨论】：