如何更改马赛克图的调色板答案

【问题标题】：How to change color palette of mosaic plot如何更改马赛克图的调色板
【发布时间】：2015-04-24 01:39:37
【问题描述】：

我有以下数据和代码：

> mat <- matrix(c(120,230,84,70,130,83,13,26,18),3)
> dimnames(mat) <- list(c("good","fair","poor"),c("a","b","c"))
> mat

> mat
       a   b  c
good 120  70 13
fair 230 130 26
poor  84  83 18
> 
> chisq.test(mat)

        Pearson's Chi-squared test

data:  mat
X-squared = 11.411, df = 4, p-value = 0.02231

> library(vcd)
> mosaic(mat, shade=T)

卡方检验显示出显着差异，但由于残差很小，因此看不到颜色。残差越高，颜色越明显：

?mosaic 显示此信息：

highlighting_fill: color vector or palette function used for a highlighted variable, if any.

如何更改上述绘图的填充颜色？

【问题讨论】：

标签： r plot colors fill

【解决方案1】：

默认情况下，vcd 中马赛克图的阴影使用截止值 2 和 4 作为与每个像元相关的残差的绝对值，如 Friendly（1994 年，美国统计协会杂志）所建议的那样，89，190-200）。这背后的想法是，如果模型拟合良好（由于残差的近似正态性），这些截止值应该与大约 5% 和 0.01% 交叉。然而，这些截止值对应于细胞的个体显着性，而卡方检验评估整体显着性。

有两种策略可以解决这个问题：（1）Friendly (1994) 着色旨在带出偏差的模式，而不是直接对应重要性 em>，可以简单地将截止值修改为适用于给定表的较低值（例如，此处为 1 和 1.8）。 (2) 切换到最大绝对残差检验（而不是它们的平方和），以便在某些显着性水平（例如 10% 和 1%）上显着的所有单元格都可以被着色。这两种策略都在vcd 中实现，并在?shading_hcl 的示例中进行了说明（使用与mat 具有非常相似属性的示例）。 Zeileis, Meyer, Hornik (2007) 解释了基本思想。 “用于可视化（条件）独立性的基于残差的阴影”，计算和图形统计杂志，16(3)，507-525。 doi:10.1198/106186007X237856

策略 (1) 可以通过以下方式应用于您的数据：

mosaic(mat, gp = shading_hcl, gp_args = list(interpolate = c(1, 1.8)))

策略（2）实现为：

set.seed(403)
mosaic(mat, gp = shading_max)

【讨论】：

感谢您的回答。同时使用 shade=T 和 gp=shading_max 选项会产生更好的颜色。 gp_args 可以有一些自动变量而不是 c(1,1.8) 吗？
同时设置shade = TRUE 和gp = shading_max 相当于只设置gp = shading_max。但请注意，最大测试是基于排列的，因此如果（在这种情况下）结果可以在显着和非显着之间切换（默认情况下以 5% 的水平判断），结果可能会发生变化。
自动选择截止点很困难。基于推理的方法是使用最大统计量的临界值，如shading_max。其他截止值只是启发式方法，您可以使用正态分布的其他分位数，例如qnorm(c(0.85, 0.96))，或经验残差的分位数，例如quantile(abs(residuals(chisq.test(mat))), c(0.7, 0.9))。但是，这些可能会或可能不会在马赛克图的可视化中产生有用的模式。特别是后者将总是有彩色单元格，无论是否有意义。

【解决方案2】：

没有真正优雅的解决方案，但您可以使用 gpar 手动定义颜色

mosaic(mat, shade=T, colorize = T, gp = gpar(fill=matrix(c("red","blue","light green", "green", "black","red","brown","white","blue"), 3, 3)))

下一步是用合理的颜色填充 gpar 中的矩阵。这里有一篇很好的文章，介绍了如何根据值分配色带。 https://stackoverflow.com/a/6320940/1502898

【讨论】：