行名称中的 R 减号使名称有时无法访问

Question

我有一个错误，我无法用更小的示例重新创建，所以我希望任何人都知道在哪里查看。

问题

如 code-cmets 中所述：在矩阵的行名中找不到 rownamesX（但它们当然存在）。如果我打印未找到的名称，则会出现以下内容：

• hsaâˆ'miRâˆ'00

应该是

• hsa-miR-00

此外，我测试了一些不同的方法：

• 如果我直接在控制台的 Rstudio 中获取下标（ctrl-shift-s 热键），则代码有效
• 如果我在控制台中调用该函数，代码就可以工作（Ctrl-Enter 就行了）
• 如果下标是通过（Ctrl-Enter 就行）在主脚本中获取的，则代码不起作用
• 如果整个 main.R 是源代码（ctrl-shift-s 热键），则代码不起作用

我的环境：

1. 数据矩阵
   • ~200k 元素
   • “type-type2-number”形式的行名
   • colnames (=samples) : "S1", "S2", ...
2. 呼叫：
   • 主脚本
     • 来源一个下标
       • 获取函数
       • 以数据矩阵为参数调用函数

3. 功能：

   myFunction <- function(rownamesX = c("type-type2-number")
                          ,mat){
       indexes <- which(rownames(mat) %in% rownamesX) # This is empty
       mat.part <- mat[indexes, ] # therefore his is empty
       resp <- mat.part[1, ] - mat.part[2, ] # therefore this yields an error 
   }
   

Answer 1

这个错误很简单： 有多个“-”：

-

-

这两个在 Rstudio 中看起来比在这里更加平等。因此，当第二个（较小的）在行名中时，我寻找第一个（较大的）