如何在 tbl_summary 中添加两个差异统计信息？答案

【问题标题】：How to add two difference statistics in tbl_summary?如何在 tbl_summary 中添加两个差异统计信息？
【发布时间】：2021-07-20 21:15:01
【问题描述】：

我是 r 的初学者，并尝试使用这个很棒的 gtsummary 包创建一些表。我的问题是，是否可以使用 add_difference 同时添加两个单独的差异统计信息（或以某种方式组合这些统计信息）？我能够创建一个具有 p 值 或效果大小的完美表格，但不能同时具有这两者。另外，是否可以使用 bonferroni 调整后的 p 值？我的简单代码（带有 t.test）如下所示：

table1 <- tbl_summary(df, by = gr, statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})")) %>% add_difference(test = list(all_continuous() ~ "t.test"), group = gr, conf.level = 0.95, pvalue_fun = function(x) style_pvalue(x, digits = 2)))

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

标签： gtsummary

【解决方案1】：

是的，gtsummary 中可以使用您所追求的表格。使用 tbl_merge() 函数将具有标准化差异的表和 p 值合并。下面有一个例子。另一种方法是使用add_stat() 来构造自定义列。

library(gtsummary)
#> #BlackLivesMatter
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.1'

# standardized difference
tbl1 <- 
  trial %>% 
  select(trt, age, marker) %>%
  tbl_summary(by = trt, missing = "no",
              statistic = all_continuous() ~ "{mean} ({sd})") %>%
  add_difference(all_continuous() ~ "cohens_d")

# table with p-value and corrected p-values
tbl2 <- 
  trial %>% 
  select(trt, age, marker) %>%
  tbl_summary(by = trt, missing = "no") %>%
  add_p(all_continuous() ~ "t.test") %>%
  add_q(method = "bonferroni") %>%
  # hide the trt summaries, because we don't need them repeated
  modify_column_hide(all_stat_cols())
#> add_q: Adjusting p-values with
#> `stats::p.adjust(x$table_body$p.value, method = "bonferroni")`

# merge tbls together
tbl_final <- 
  tbl_merge(list(tbl1, tbl2)) %>%
  # remove spanning headers
  modify_spanning_header(everything() ~ NA)

^{由reprex package (v2.0.0) 于 2021-07-20 创建}

【讨论】：

完美运行。只是稍微修改了第二部分： %>% modify_column_hide(columns = all_stat_cols())