错误：Bioconductor 版本“3.13”需要 R 版本“4.1”（R 版本 4.0.2）答案

【问题标题】：Error: Bioconductor version '3.13' requires R version '4.1' (R version 4.0.2)错误：Bioconductor 版本“3.13”需要 R 版本“4.1”（R 版本 4.0.2）
【发布时间】：2021-03-02 10:44:34
【问题描述】：

我发现其他用户提出的“类似”问题，但没有一个答案有效。我正在尝试安装这些软件包：

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("maEndToEnd", version = "devel") 

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ArrayExpress")
----------------------------------------------------------
Error: Bioconductor version '3.13' requires R version '4.1'

我的 R 版本 4.0.2，我的操作系统是 Ubuntu 20.10 我想也许我可以：

a) 更改我的 R 版本（我没有找到 ubuntu R 版本 4.1）

b) 更改我的 Bioconductor 版本。出于这个原因，我执行了：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
------------------------------------------------------
Error in packageVersion("BiocManager") : 
  there is no package called ‘BiocManager’

install("BiocManager")
------------------------------
Error: Can't find 'BiocManager'
´´´

I also tried so many things that I believe I just made worse the situation by eliminating packages from other libraries:  
/usr/lib/R/site-library 
/home/usr_name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0

这是我目前拥有的包目录：

library()
------------------------------------
 Packages in library ‘/usr/lib/R/site-library’:

askpass                    
assertthat                
backports              
base64enc                 
BH                    
Metapackage
bit                       
bit64                     
bitops                    
blob                       
brew                      
callr                     
cli                       
cliapp                  
clipr                      
colorspace                
and
                 
etc...

Packages in library ‘/usr/lib/R/library’:  

base 
boot
for

class
cluster
Extended

etc ...

我该如何继续？如您所知，我是与信息学相关的所有方面的初学者。任何细节将不胜感激。

【问题讨论】：

标签： r ubuntu bioconductor

【解决方案1】：

除非您确实需要特定版本的 BioConductor 软件包，否则您无需指定 version。试试下面的standard approach 看看是否可行：

install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
install() # Install BioConductor core packages
install("maEndToEnd")
install("ArrayExpress")

【讨论】：

BiocManager 已安装，其他命令给我错误：
install() --> 下载的源码包在：'/tmp/Rtmpn41lQy/downloaded_packages' 安装路径不可写，无法更新包：backports、BH、bit、bit64、callr等...
install("maEndToEnd") --> 完成（clusterProfiler）错误：依赖项'oligoClasses'、'ArrayExpress'、'pd.hugene.1.0.st.v1'、'oligo'、'arrayQualityMetrics ' 不适用于包 'maEndToEnd' * 删除 '/home/mrgery/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/maEndToEnd' 下载的源包在 '/tmp/Rtmpn41lQy/downloaded_packages' 安装路径不是可写，无法更新包：backports, BH, bit, bit64,
install("ArrayExpress") --> 安装包 'ArrayExpress' 还安装依赖项 'RCurl'、'GenomeInfoDb'、'MatrixGenerics'、'DelayedArray'、'GenomicRanges'、' SummarizedExperiment'、'oligoClasses'、'oligo' * 安装 source 包 'RCurl' ... ** 包 'RCurl' 成功解包并检查 MD5 总和 ** 使用分阶段安装检查 curl-config。 .. no 找不到 curl-config 错误：包 'RCurl' 的配置失败 * 删除 '/home/usr_name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/RCurl' * 安装 source 包'MatrixGenerics' ...
错误：延迟加载包'MatrixGenerics'失败 *删除'/home/usr_name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/MatrixGenerics' {更多具有相同性质的错误}下载的源码包在'/tmp/Rtmpn41lQy/downloaded_packages' 安装路径不可写，无法更新包：backports, BH, bit

【解决方案2】：

'R-4.1' 是当前 R-devel 将变成的样子； R-devel 通常在 linux 平台上从源代码安装，但可以方便地以 rocker https://hub.docker.com/r/rocker/r-devel/ 和 Bioconductor https://hub.docker.com/r/bioconductor/bioconductor_docker/tags（查找“devel”标签）docker 镜像的形式提供。

关于

的报道

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
------------------------------------------------------
Error in packageVersion("BiocManager") : 
  there is no package called ‘BiocManager’

看起来不完整。会发生什么

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

？它应该（成功地）安装 BiocManager，并且packageVersion("BiocManager") 应该报告一个版本。也许它会帮助开始一个新的会话？

值得一提的是，这里是报告“R 正在开发中”的“版本字符串”，还有版本 4.1.0

> R.version
               _
platform       x86_64-apple-darwin17.7.0
arch           x86_64
os             darwin17.7.0
system         x86_64, darwin17.7.0
status         Under development (unstable)
major          4
minor          1.0
year           2021
month          02
day            10
svn rev        79979
language       R
version.string R Under development (unstable) (2021-02-10 r79979)
nickname       Unsuffered Consequences

【讨论】：