安装目录不可写，无法更新包'boot'，'class'，'KernSmooth'，'mgcv'，'nnet'，'rpart'，'spatial' [重复]答案

【问题标题】：installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'KernSmooth', 'mgcv', 'nnet', 'rpart', 'spatial' [duplicate]安装目录不可写，无法更新包'boot'，'class'，'KernSmooth'，'mgcv'，'nnet'，'rpart'，'spatial' [重复]
【发布时间】：2023-03-03 17:16:01
【问题描述】：

我在 Ubuntu 14.04 上的 R 版本 3.1.2 上安装了 Bioconductor 软件包并收到以下消息：

下载的源码包在 '/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages' 警告信息：已安装目录不可写，无法更新包'boot'，'class'， 'KernSmooth'、'mgcv'、'nnet'、'rpart'、'空间'

这是什么意思，它对在 R 上使用上述软件包有何影响？

【问题讨论】：

这能回答你的问题吗？ installation path not writable R, unable to update packages

标签： r

【解决方案1】：

我在 R-studio 工作时遇到了同样的问题。解决方案是授予 R 的 root 访问权限。

在 Windows 中，这意味着您需要以管理员身份运行程序。

在 Unix/Linux 中，您应该通过 sudo R 从终端启动 R。

然后，一旦你以足够的权限运行，你可以尝试安装你的包，它应该可以工作。

【讨论】：

【解决方案2】：

警告意味着列出的软件包有更新的版本可用，但您的版本无法更新，因为安装软件包的目录无法写入。通常这意味着 R 是使用“系统管理员”权限安装的，但您正尝试以普通用户身份更新软件包。

结果是您无法使用更新包中实现的功能或错误修复。具体后果可能从手册页上的轻微排版更正到严重的错误修复。定性地说，我敢打赌，它对于大多数用途来说“无关紧要”。

解决方案是在以有权写入已安装目录中包的用户身份运行 R 时更新这些包——通常是.libPaths() 输出的最后一个元素，或者通过installed.packages()[, "LibPath"] 进行更细粒度的输出

【讨论】：

是否可以让用户像install.packages()一样将相同的包安装到本地库中？
我相信行为遵循 update.packages()，所以我认为您的问题是“可以 update.packages() 在不同的位置安装更新吗？”我想答案是否定的，解决方法是自己安装软件包，通过 biocLite() 或 install.packages()，并有机会将它们安装在可写的位置。

【解决方案3】：

我今天在 Windows 下安装三个 Bioconductor 软件包时遇到了同样的问题。两个（我真正想要的包的依赖项）已经以更新的形式在我的系统上（如@Martin-Morgan 解决方案中所述），因此无需采取任何措施。但是，没有安装一个。对于这个第三个软件包，我成功地从安装失败期间下载的本地文件进行了安装，而无需提升权限（这是@Ninadmw 概述的下一步）。

在 R 中，转到菜单 Packages/Install Package(s) from local files 并导航到列出的本地下载目录，在你的例子中是 /tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages，然后选择你要安装的包。

在 RStudio（您应该使用）中，转到菜单 Tools\Install Packages，将安装从字段更改为 Package Archive File (.zip; .tar.gz)，使用 Browse... 导航到列出的下载目录，在您的情况下是 /tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages并选择要安装的软件包。然后点击Install按钮。

【讨论】：