R 3.6.1； Ubuntu，尝试更新 Bioconductor 的软件包并出现错误：....安装路径不可写，无法更新软件包

Question

无法在 Ubuntu 中完全安装和更新“Bioconductor 基础包”。

我正在尝试更新 Bioconductor 的核心包，但出现错误：

使用 Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0)、R 3.6.1 (2019-07-05)。 安装路径不可写，无法更新包：abind， acepack,askpass, assertthat, backports, base64enc, BH, bitops, broom, carData, caTools, cellranger, cli, clipr, colorspace, 蜡笔...

为了更新，我尝试了以下代码：

biocLite()

我也试过了：

biocLite("BiocUpgrade")

任何选项都不成功。

在访问并查看了 Bioconductor [http://bioconductor.org/install/] 的文档后，我希望更新没有问题，并希望收到如下消息：

使用 Bioconductor 版本所有软件包已更新...

但我得到了：

使用 Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0)、R 3.6.1 (2019-07-05)。 安装路径不可写，无法更新包：abind， acepack,askpass, assertthat, backports, base64enc, BH, bitops, broom, carData, caTools, cellranger, cli, clipr, colorspace, 蜡笔...

我做错了什么？

Answer 1

####################
# install miniconda
####################
# if in linux
# if 64 bit
cd ~/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# if 32 bit
cd ~/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
# follow the instructions - whereby install it locally in home.

成功安装后，您的 bash 现在可以识别所有 conda 命令。

############################
# create new environment for your R version
############################

conda create --name R361

############################
# enter the create environment by
############################

conda activate R361
# shell begins now always with (R361)...$ 
# to show you in which environment you are

############################
# Install your desired R version
############################

conda install -c bioconda R=3.6.1   

# -c bioconda means: look into bioconda repository for this package
# commonly used other repositories are: -c anaconda
#                                       -c conda-forge

如果你这样做：

# conda install r-base # or: conda install -c conda-forge r-base
# or: conda install -c bioconda r-base  or: conda install -c r r-base
# very likely it installs newest R.
# with R=3.6.1 you can control exactly which version should be installed.

我个人首先尝试-c bioconda 获取所有与生物信息学相关的内容。 因为 bioconda 通常对于 R 包来说是最新的。 （嗯，我也是生物信息学家；） - 所以我有这方面的经验）。

############################
# biocLite() is now old. Install BiocManager 
############################

# Start R
R

# install BiocManager
> install.packages("BiocManager")
> require(BiocManager) # or: libary(BiocManager)

# in BiocManager `install()` is like former `biocLite()` install command
> install("<your bioconductor package>")

一些生物导体包需要安装额外的非 R 包。 在全球范围内工作时，这些是sudo apt install r-cran-* 候选人。 但是，谷歌“conda install”，你会发现 那么您必须使用哪个 conda 命令（哪个子存储库） （您必须将 -c ... 命令添加到 conda install）。

例如对于 bioconda，卷曲是必不可少的。但是如果你安装你最大的 bioconductor (bioconda) 包，那么他们的 conda 包将包含所有这些 必需品 - 你不必关心它们 - 安装将在 一会儿。 所以尝试安装最大的复杂包。如果有针对这些的 conda 包， 那么你的大部分安装将在包照顾的同时完成 所有依赖项。

# in current env show all installed packages      $ conda list
# from outside any special environment, do:       $ conda list --name R361
# show all environment                            $ conda info --envs
# remove your environment                         $ conda remove -n R361

# all these commands are preactically all you need.

Answer 2

几个月前我一直遇到这些问题。从字面上看，完全相同的错误。我通过打开具有管理员权限的终端，启动 R，然后更新来解决它。为此，只需键入

sudo -i R 

根据需要进行更新。有些人讨厌这一点，特别是如果您不信任或不知道来源，或者如果它是共享计算机。我觉得这对我的个人机器来说很好，所以我在更新 bioconductor 和相关软件包时一直这样做。我也必须这样做才能正确安装 GVIZ。

祝你好运。