用 ggplot2 geom_point plot 合并两种不同的颜色

Question

（我在talkstats.com 上的R 论坛和ggplot2 论坛上发布了同样的问题。）

在细胞生物学中，人们经常发布图像，其中一种蛋白质标记为绿色，第二种蛋白质标记为红色，然后他们只显示绿色蛋白质的图像，然后只显示红色蛋白质，然后是“合并”显示两种蛋白质的存在位置。合并最终在只有蛋白质 1 的情况下显示大部分为绿色，在只有蛋白质 2 的情况下大部分显示为红色，在它们都在的情况下显示为黄色，并且您可以看到在恒定蛋白质 1 的背景中蛋白质 2 水平增加的梯度等. 我想用 ggplot 做同样的事情，x 和 y 轴显示两个测量的位置，颜色的强度表示测量的大小。在随附的示例中，测量值 1 和 2 在大多数 x 和 y 坐标上相似，但测量值 1 从 y 轴 50 到 100 稍高，而测量值 2 从 y 轴 75 到 125 稍高一些。在我的示例中， graph1 给了我我想要的东西（尽管是蓝色而不是红色），但随后我展示了一个不成功的“graph2”，其中测量 2 只是覆盖了测量 1。

我希望通过附加的脚本，这个令人困惑的问题变得更加清晰。谁能告诉我如何对两种不同颜色进行所需的合并（理想情况下一种颜色为红色，另一种颜色为绿色）？ （也欢迎对我创建数据框的有点丑陋的方式提出建设性的批评。）

谢谢。

埃里克

enter code here

# merging two different colors with ggplot2 geom_point plot

library(tidyverse)

set.seed(8)

x <- seq(1,100)

y <- seq(1,250)

z <- integer(length(x) * length(y))

df <- data.frame('x_coordinate' = rep(x, times = length(y)), 
    'y_coordinate' = rep(y, each = length(x)), 
    'z_coordinate1' = z, 
    'z_coordinate2' = z)

df[,3] <- sample(1:100, length(df[,3]), replace = TRUE)
df[,4] <- sample(1:100, length(df[,3]), replace = TRUE)

for (i in 1:100) { 
    df[df[,1] == i & df[,2] > 50 & df[,2] <= 100,3] <- sample(25:125, 50)
    df[df[,1] == i & df[,2] > 75 & df[,2] <= 125,4] <- sample(25:125, 50)
}

# graph 1:  
ggplot(data = df, 
    mapping = aes(x = x_coordinate, y = y_coordinate, color = z_coordinate1)) + 
    geom_point(size = 0.2)

# unsuccessful graph2:  
ggplot(data = df, 
    mapping = aes(x = x_coordinate, y = y_coordinate, color = z_coordinate1)) + 
    geom_point(size = 0.2) + 
    geom_point(data = df, 
    mapping = aes(x = x_coordinate, y = y_coordinate, color = z_coordinate2), 
    size = 0.2)

Answer 1

Ggplot 专为“长”或“整洁”的数据而设计。 （因此包的“整洁”标题。您提供的 DF 是长格式。 先旋转 DF，然后使用 alpha 美学来获得您正在寻找的颜色叠加。

df %>% 
  gather(key = CoordType, value = Intensity, z_coordinate1:z_coordinate2) %>% ## Pivot the 2 last columns into a single column, so each of the DF's row representes a single obeservation
  ggplot(aes(x = x_coordinate, y = y_coordinate, colour = CoordType)) +
  geom_point(aes(alpha = .$Intensity/max(.$Intensity)), ## Create a 1:0 value of transparency (alpha) as an aestethic for every point
             size = 0.2) +
scale_color_manual(values = c("green", "red")) ## state the colours you want.