ggplot2：在 aes(..) 和 geom_bar(..) 中使用 `fill = ...`。颜色重复答案

【问题标题】：ggplot2: Using `fill = …` in aes(..) and geom_bar(..). The colors repeatggplot2：在 aes(..) 和 geom_bar(..) 中使用 `fill = ...`。颜色重复
【发布时间】：2014-01-04 11:22:03
【问题描述】：

这是带有ggplot的条形图：

library(ggplot2)
ggplot(subset(dat, Gene=='3_RH2B'), aes(x=Morpho, y=Weights, fill=Model2)) + geom_bar(stat='identity') + ggtitle('RH2B')

我的问题是颜色重复而不是形成一个大块。我希望每个条由三个颜色块组成，对应于变量dat$Model2 的三个级别。我怎样才能做到这一点？为什么 ggplot 会创建这个图表而不是直接创建我想要的那个？

这里是data.frame dat:

      Gene    Morpho Model     Weights Model2
1   1_RH1 Morph_PC1  OUMV 0.081666667   OUMx
2   1_RH1 Morph_PC1   OUM 0.093333333   OUMx
3   1_RH1 Morph_PC1   BM1 0.286666667    BMx
4   1_RH1 Morph_PC1 OUMVA 0.191666667   OUMx
5   1_RH1 Morph_PC1   OU1 0.076666667    OU1
6   1_RH1 Morph_PC1   BMS 0.255000000    BMx
7   1_RH1 Morph_PC1  OUMA 0.013333333   OUMx
8   1_RH1 Morph_PC2   OU1 0.106666667    OU1
9   1_RH1 Morph_PC2   BM1 0.030000000    BMx
10  1_RH1 Morph_PC2   OUM 0.226666667   OUMx
11  1_RH1 Morph_PC2 OUMVA 0.346666667   OUMx
12  1_RH1 Morph_PC2  OUMA 0.238333333   OUMx
13  1_RH1 Morph_PC2  OUMV 0.045000000   OUMx
14  1_RH1 Morph_PC2   BMS 0.003333333    BMx
15  2_LWS Morph_PC1   BM1 0.545000000    BMx
16  2_LWS Morph_PC1   BMS 0.253333333    BMx
17  2_LWS Morph_PC1   OUM 0.061666667   OUMx
18  2_LWS Morph_PC1  OUMV 0.018333333   OUMx
19  2_LWS Morph_PC1  OUMA 0.015000000   OUMx
20  2_LWS Morph_PC1 OUMVA 0.110000000   OUMx
21  2_LWS Morph_PC1   OU1 0.000000000    OU1
22  2_LWS Morph_PC2   OU1 0.136666667    OU1
23  2_LWS Morph_PC2   OUM 0.078333333   OUMx
24  2_LWS Morph_PC2 OUMVA 0.373333333   OUMx
25  2_LWS Morph_PC2   BM1 0.028333333    BMx
26  2_LWS Morph_PC2  OUMV 0.018333333   OUMx
27  2_LWS Morph_PC2  OUMA 0.353333333   OUMx
28  2_LWS Morph_PC2   BMS 0.013333333    BMx
29 3_RH2B Morph_PC1   BM1 0.301666667    BMx
30 3_RH2B Morph_PC1   BMS 0.478333333    BMx
31 3_RH2B Morph_PC1   OU1 0.091666667    OU1
32 3_RH2B Morph_PC1   OUM 0.066666667   OUMx
33 3_RH2B Morph_PC1  OUMA 0.028333333   OUMx
34 3_RH2B Morph_PC1  OUMV 0.023333333   OUMx
35 3_RH2B Morph_PC1 OUMVA 0.008333333   OUMx
36 3_RH2B Morph_PC2   OUM 0.246666667   OUMx
37 3_RH2B Morph_PC2  OUMA 0.171666667   OUMx
38 3_RH2B Morph_PC2  OUMV 0.096666667   OUMx
39 3_RH2B Morph_PC2   BMS 0.106666667    BMx
40 3_RH2B Morph_PC2   OU1 0.213333333    OU1
41 3_RH2B Morph_PC2   BM1 0.140000000    BMx
42 3_RH2B Morph_PC2 OUMVA 0.025000000   OUMx

【问题讨论】：

标签： r plot ggplot2 bar-chart

【解决方案1】：

您的 data.frame 似乎是一个汇总表。在这种情况下，stat = 'identity' 可能适用于 geom_bar 命令。除了没有。您需要 ggplot 在汇总表上执行其他聚合。对于第一个堆叠条（MORPH_PC1），要堆叠的组件是有序的，尽管stat='identity'，ggplot 将添加适当的权重。但是，如果您更改第一个堆叠条的组件顺序，那么它也将包含重复的颜色。例如，使用带有以下数据框的 ggplot 命令来查看效果。这是您的数据框，除了 Model2 变量的顺序略有变化。

dat = read.table(text = "      Gene    Morpho Model     Weights Model2
29 3_RH2B Morph_PC1   BM1 0.301666667    BMx
32 3_RH2B Morph_PC1   OUM 0.066666667   OUMx
30 3_RH2B Morph_PC1   BMS 0.478333333    BMx
31 3_RH2B Morph_PC1   OU1 0.091666667    OU1
33 3_RH2B Morph_PC1  OUMA 0.028333333   OUMx
34 3_RH2B Morph_PC1  OUMV 0.023333333   OUMx
35 3_RH2B Morph_PC1 OUMVA 0.008333333   OUMx
36 3_RH2B Morph_PC2   OUM 0.246666667   OUMx
37 3_RH2B Morph_PC2  OUMA 0.171666667   OUMx
38 3_RH2B Morph_PC2  OUMV 0.096666667   OUMx
39 3_RH2B Morph_PC2   BMS 0.106666667    BMx
40 3_RH2B Morph_PC2   OU1 0.213333333    OU1
41 3_RH2B Morph_PC2   BM1 0.140000000    BMx
42 3_RH2B Morph_PC2 OUMVA 0.025000000   OUMx", header = TRUE, sep = "")

@Alpha 提供的解决方案的其他解决方案：

在ggplot2命令之外执行额外的聚合，然后绘图：

datRevised = aggregate(Weights ~ Morpho + Model2, data = dat, FUN = "sum")
ggplot(datRevised, aes(x=Morpho, y=Weights, fill=Model2)) + geom_bar(stat='identity') + ggtitle('RH2B')

或者，在原始数据框上使用weight 美学（有关一些详细信息，请参阅here - 大约在页面的一半处）。

ggplot(dat, aes(x=Morpho, weight=Weights, fill=Model2)) + geom_bar() + ggtitle('RH2B')

【讨论】：

【解决方案2】：

您需要按名称对Model2 列进行排序，然后它就可以正常工作了：

sub <- subset(dat, Gene == '3_RH2B')
df <- sub[with(sub, order(Model2)), ]


ggplot(df, aes(x = Morpho, y = Weights, fill = Model2)) + 
  geom_bar(stat = 'identity') + ggtitle('RH2B')

如果您尝试在没有stat = 'identity' 的情况下绘制未排序的数据（并且因为它删除了Weights 的权重），您可以看到块问题不会发生：

ggplot(sub, aes(x = Morpho, fill = Model2)) + geom_bar() + ggtitle('RH2B')

【讨论】：

确实这是一个解决方案。能告诉我更多关于我的问题发生的原因吗？为什么ggplot 只使用填充来决定颜色而不是分组数据的方式？
@Remi.b 我不确定，但我猜是因为 stat = 'identity'
@Remi.b 是我编辑的答案仍然不是您需要的吗？
嗯，在我看来，订购是一种糟糕的解决方案。仍然是一个！我很惊讶没有其他解决方案可以减轻重量或重新排序组。无论如何，当我最终使用你为我的工作重新订购的解决方案时，我会检查你的答案。感谢您的帮助！