堆叠直方图上的颜色标签（在 R 中）

Question

我想重现下面的堆叠直方图（来自 Armstrong A.，Microbiome，2018 年）。

情节本身没有问题，我可以用 PcoA 坐标来排序我的相对丰度。我的问题是我找不到通过一些临床数据（在此示例中为性取向和 HIV）标记每列/堆栈顶部的解决方案。这是用ggplot还是别的什么？如何绘制上面的行？ 谢谢！

[编辑] 一些尝试的数据：

直方图（已由 PCoA 订购）

Pt  Streptococcus   Staphylococcus  Lactobacillus   Acinetobacter   Pseudomonas Bacillus
patient1    61.20    5.65    7.45    1.65    0.30    0.60
patient6    43.00    2.10   18.10    0.40    0.60    0.60
patient5    41.95    4.10   24.55    0.75    0.90    0.00
patient8    41.15   25.95    3.50    0.20    7.45    0.30
patient4    26.45   55.10    2.55    3.40    0.05    2.85
patient7    18.20   26.40    0.95   20.25    0.50    0.05
patient3    18.00   18.70   38.55    0.10   56.55    0.00
patient2     0.35    0.05    2.10    0.20    0.40   94.75

要在顶部标记的元数据

Pt Time
patient1    T1
patient2    T3
patient3    T4
patient4    T2
patient5    T2
patient6    T1
patient7    T1
patient8    T2

Answer 1

好的，这是一个快速的答案 - 准备数据时遇到了一些问题，因此请忽略前期准备代码，因为它有点混乱。但基本上我会推荐使用优秀的patchwork 库来创建组合图。语法非常简单，但您可以以非常细粒度的方式控制输出。

加载包：

library(tidyverse)
library(patchwork)

读取数据：

df <- read.csv2(text = "cPt,  Streptococcus,   Staphylococcus,  Lactobacillus,   Acinetobacter,   Pseudomonas, Bacillus,
patient1,    61.20,    5.65,    7.45,    1.65,    0.30,    0.60,
patient6,    43.00,    2.10,   18.10,    0.40,    0.60,    0.60,
patient5,    41.95,    4.10,   24.55,    0.75,    0.90,    0.00,
patient8,    41.15,   25.95,    3.50,    0.20,    7.45,    0.30,
patient4,    26.45,   55.10,    2.55,    3.40,    0.05,    2.85,
patient7,    18.20,   26.40,    0.95,   20.25,    0.50,    0.05,
patient3,    18.00,   18.70,   38.55,    0.10,   5.655,    0.00,
patient2,     0.35,    0.05,    2.10,    0.20,    0.40,   94.75", 
header = T, 
sep = ",", 
stringsAsFactors = FALSE
)

df2 <- read.csv2(text = "cPt, Time
patient1,    T1
patient2,    T3
patient3,    T4
patient4,    T2
patient5,    T2
patient6,    T1
patient7,    T1
patient8,    T2", 
header = T, sep = ","
)

争吵数据-计算其他细菌：

df %>% 
    select(-X) %>%
    mutate(other = as.character(100 - as.numeric(Streptococcus) - 
            as.numeric(Staphylococcus) - 
            as.numeric(Lactobacillus) - 
            as.numeric(Acinetobacter) - 
            as.numeric(Pseudomonas) - 
            as.numeric(Bacillus)))  %>%
    pivot_longer(-cPt) %>% 
    left_join(df2) -> df.complete 

创建底部图：

df.complete %>%
    ggplot(aes(x = cPt, y = as.numeric(value), fill = name)) + 
    geom_col(width = 1) + 
    theme_minimal() + 
    theme(legend.position = "bottom")  + 
    scale_fill_brewer(palette = "Set3") -> plot1

创建顶部图：

df.complete %>%
    ggplot(aes(x = cPt, fill = Time)) + 
    geom_bar(width = 1) + 
    theme_void() + 
    theme(legend.position = "top") + 
    scale_fill_brewer(palette = "Set1") -> plot2

将情节与拼凑相结合：

plot2 + plot1 + plot_layout(ncol = 1, heights = c(1, 10))