ggplot2 多连续变量绘图答案

【问题标题】：ggplot2 Multiple continuous variable plottingggplot2 多连续变量绘图
【发布时间】：2016-11-14 19:07:34
【问题描述】：

我有一个如下所示的数据集：

  Distance  Mean    SD Median    VI Vegetation.Index       Direction  X X.1 X.2 X.3
1      10m 0.525 0.082  0.530  NDVI             NDVI Whole Landscape NA  NA  NA  NA
2      25m 0.517 0.085  0.523  NDVI             NDVI Whole Landscape NA  NA  NA  NA
3      50m 0.509 0.086  0.514  NDVI             NDVI Whole Landscape NA  NA  NA  NA
4     100m 0.494 0.090  0.497  NDVI             NDVI Whole Landscape NA  NA  NA  NA
5      10m 0.545 0.076  0.551 NDVIe             NDVI            East NA  NA  NA  NA
6      25m 0.542 0.078  0.549 NDVIe             NDVI            East NA  NA  NA  NA


> dput(droplevels(head(data)))
structure(list(Distance = structure(c(2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("100m", 
"10m", "25m", "50m"), class = "factor"), Mean = c(0.525, 0.517, 
0.509, 0.494, 0.545, 0.542), SD = c(0.082, 0.085, 0.086, 0.09, 
0.076, 0.078), Median = c(0.53, 0.523, 0.514, 0.497, 0.551, 0.549
), VI = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L), .Label = c("NDVI", 
"NDVIe"), class = "factor"), Vegetation.Index = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "NDVI", class = "factor"), Direction = structure(c(2L, 
2L, 2L, 2L, 1L, 1L), .Label = c("East", "Whole Landscape"), class = "factor"), 
X = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA), X.1 = c(NA, NA, NA, NA, NA, 
NA), X.2 = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA), X.3 = c(NA, NA, NA, 
NA, NA, NA)), .Names = c("Distance", "Mean", "SD", "Median", 
"VI", "Vegetation.Index", "Direction", "X", "X.1", "X.2", "X.3"
), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")

我想创建一个条形图分面网格，其中 x 轴上的分类变量（距离）、y 轴上的连续变量（植被指数）和每个条形图的两个条形图（平均和中值植被指数值） .条形图按“方向”和“植被指数”绘制刻面。

我已经用一种类型的度量（平均值）做到了这一点，如下图所示。

这是我现在的代码：

 p = ggplot(data,aes(x=Distance,y=Mean,fill=Distance)) + geom_bar(stat =
    'identity',position='dodge')+ facet_grid(Direction~Vegetation.Index)+ 
    coord_cartesian(ylim=c(0.2,0.95)) + geom_errorbar(data = data,
    aes(ymin=Mean-SD,ymax=Mean+SD),width=0.5)

但我还想要一个中位数栏。

Like this 但对于分面网格中的所有条形图。

我发现一些人想要做这个完全相同或类似的事情，并发现它们相当有用：

This

Or this

但是，我的数据看起来与他们的（我认为）非常不同，并且以任何方式更改它都会弄乱我已有的数据。据我了解，我必须使用 group='Mean+Median'。

【问题讨论】：

请发送reproducible example (click link for many tips)。不要共享数据图像。取而代之的是 (a) 使用看起来像您的数据的内置数据，(b) 共享短代码来模拟示例数据，或 (c) 使用 dput() 可重复地共享您的数据（或者可能是您的数据的子集）。
另外，请更清楚您想要的输出。 “沿 x 轴的多个连续变量”没有多大意义，尤其是对于条形图。条形图的 x 轴是分类的，而不是连续的。您的意思是您想要沿 x 轴的度量类型，例如，一根表示中位数，一根表示平均值？
根据您的澄清，您的第一个问题链接似乎是几乎完全相同的重复。您需要将数据转换为长格式，其中有一个“measure”列，该列采用"mean" 或"median" 的值和一个“value”列，取平均值或中位数的数值。您可以使用 melt just like in this answer 来做到这一点。
如果你能调整你对变量的想法，你将会有更好的运气与ggplot一起工作。条形图中唯一的连续变量是 y 轴。您想要 y 轴上的连续值，并且您想要 x 轴上的分类 measure（平均值或中位数）。如果您按照上面的要求可重复地共享您的数据，我将很乐意在答案中进行演示。没有以可用方式共享的特定数据，我建议将您的问题作为您链接的问题的副本关闭。
非常感谢 Gregor 的 cmets 和建议！我发布了我的数据样本以及您建议的 dput() 。我希望这是可重现的。

标签： r ggplot2 geom-bar facet-grid

【解决方案1】：

使用您的示例数据，我们首先将其转换为长格式。我在这里使用tidyr::gather，但reshape2::melt（或data.table::melt）的工作方式类似。

library(tidyr)
dfl = gather(df, key = measure, value = value, Mean, Median)

dodge_width = 0.8
ggplot(dfl,
       aes(x = measure, y = value, fill = Distance, group = Distance)) +
    geom_bar(stat = 'identity',
             position = position_dodge(dodge_width),
             width = dodge_width) +
    facet_grid(Direction ~ Vegetation.Index) + 
    coord_cartesian(ylim = c(0.2, 0.95)) + 
    geom_errorbar(
        aes(ymin = value - SD, ymax = value + SD),
        width=0.5,
        position = position_dodge(dodge_width)
    )

【讨论】：

太棒了。你非常有帮助。非常感谢！这也准确地指出了我的尝试出错的地方。我对 R 很陌生，所以目前语法有点笨拙。再次感谢！！
很高兴您发现它有帮助！如果您打算大量使用ggplot，我强烈建议您阅读the Tidy Data paper - 95% 的新用户使用ggplot 获取的数据格式正确，而整洁的数据文件有助于描述目标。下次您提出关于 SO 的问题时，您就会知道从一开始就可重复地共享数据 :)
我一定会读一读的！同上共享数据。再次感谢！