RCPP 错误：未定义的符号：安装包上的 _ZTIN4Rcpp7RObjectE

Question

通过 Rcpp.package.skeleton 使用默认的 hello world 程序，我“有时”会在安装时收到此错误。

dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 中的错误： 无法加载共享对象'/home/usrname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/helloWorld/libs/helloWorld.so'：/home/usrname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library /3.0/helloWorld/libs/helloWorld.so：未定义符号：_ZTIN4Rcpp7RObjectE。

有时我的意思是，在大约 10 次尝试中，只有一次在第一次安装时出现了该错误，尽管最后经过一些调整，每个包最终都会出现错误，即使所有更改都已从代码中删除，并且所有.o,.so 和 tar 文件被删除，库在 R 中被卸载，包将不会再次构建。

我的最终目标是使用 -lz 编译选项将一些 zlib 函数包含到一些代码中，所以当我对 hello_world 说“一些调整”时，它们会是：
1. 将 -lz 添加到 Makevars 中的 PKG_LIBS 变量
2.在.cpp文件中添加#include
3. 创建一个 const char* a
4.尝试用a调用gzopen(a,a)

我的流程是
1. 在 R 中：Rcpp.package.skeleton("testPackage", attributes = TRUE)
2.在终端：R CMD build testPackage
3.在终端：R CMD INSTALL testPackage

上次只是为了测试一个，我编译好了，我添加了 -lz 并没有问题，然后我添加了#include，我得到了错误。我将其删除，但仍然出现错误。

所以：
1.有谁知道是什么导致了这个错误？
2. 有没有办法修复它以便重新安装恢复的代码？
3.如果没有，有没有另一种方法可以将zlib构建到代码中（sourceCpp似乎可以正常工作）。

我使用的是 Ubuntu 12.04.2 LTS
R 版本 3.01
rcpp_0.10.3

更新解决方案：
在编辑 Makevars 时，我无意中在变量周围添加了一组额外的引号：
PKG_LIBS = "$/usr/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()" -lz"
包含 zlib 的正确方法是将 -lz 附加到该行：
PKG_LIBS = $/usr/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()" -lz
如果您尝试将 Makevars 恢复为正确的格式，那么一旦您收到错误仍然是正确的，您将继续在安装时收到错误。而且有时（我的测试运行中的 2/6）它仍然会安装错误，只是稍后在将 zlib 函数包含或添加到代码中时才会弹出。

Answer 1

我的 RcppCNPy 包使用 zlib。它使用

 PKG_LIBS = `$(R_HOME)/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()"` -lz

并且有代码例如

cnpy::NpyArray cnpy::npy_gzload(std::string fname) {
    gzFile fp = gzopen(fname.c_str(), "rb");
    if(!fp) {
        Rf_error("npy_gzload: Error! Unable to open file %s!\n",fname.c_str());
    }
    NpyArray arr = gzload_the_npy_file(fp);
    gzclose(fp);
    return arr;
}

也许这可以作为你的榜样。