如何在 shell 脚本中运行 R 代码？答案

【问题标题】：How to run R codes inside shell script?如何在 shell 脚本中运行 R 代码？
【发布时间】：2014-07-08 22:07:01
【问题描述】：

我有一个 R 文件 (myfile.R)。我想使用 shell 脚本运行它。我怎样才能做到这一点？我试过这个：

#! /bin/bash
Rscript myfile.R

但它给了我这个错误：Rscript: command not found

我也试过这个：

#! /bin/bash
R --not-save-- < myfile.R

它也给出了这个错误：R : command not found

最好的方法是什么？

【问题讨论】：

格式化在那里产生了影响。 R 可能不在您的 PATH 环境变量中。你可以通过输入R从命令行运行R吗？ bash 是你的默认外壳吗？

标签： r shell sh

【解决方案1】：

这个想法是不是写一个shell，而是写一个R脚本。这就是Rscript 的用途，我们的littler 包甚至在此之前就提供了/usr/bin/r。

就这样吧

 #!/usr/bin/Rscript

 cat("Hello, world\n")
 # rest of your code below

或使用

 #!/usr/bin/r

对于littler——我有多个 cron 工作在做这件事。

这显然假设您将在 /usr/bin 中拥有 Rscript 或 r，例如在普通的 Debian 或 Ubuntu 机器上。

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为您正在寻找的是批处理模式。你可以这样做：

R CMD BATCH [options] infile [outfile] &

您可以阅读有关批处理模式的更多信息here.

【讨论】：

【解决方案3】：

这适用于我在 Windows 上的 Cygwin 中：

#!/cygdrive/c/Progra~1/R/R-3.3.0/bin/x64/Rscript.exe

# dummy example

cat("Hello StackOverflow\n")

【讨论】：

【解决方案4】：

使用命令R 启动 R，然后添加你的代码

user@ubuntu:~/RCode/RCode$ R
> source("data_acquisition.R")
> load_libraries()
> df <- acquire_nps()
> head(df)
...

【讨论】：

【解决方案5】：

考虑到你已经在你的机器上安装了 R（基于 Linux），我觉得下面是你可以按照以下步骤在 sh 文件中运行 R。

操作系统：Mac-Os（Mojave 版本）

R 版本：3.6

第 1 步：我已经使用 brew 在我的 mac 机器上安装了 R。

$ brew install r (-- 这会将最新的 R 安装到你的机器上--)

第 2 步：创建示例 sh 文件。 (startR.sh)

$ touch startR.sh

第 3 步：将以下内容复制到您的 startR.sh 文件中

$ vim startR.sh

（粘贴以下内容）

#!/bin/sh
Rscript sample.r
echo " r sample run"
exit

( --- 我创建了名为 sample.R 的简单 R 文件，内容如下 --)

sayHello

打印（'你好'） }

说你好()

(这是一个简单的hello函数，请随意改变你的实际函数)

注意：请将您的 sample.R 放在与 startR.sh 相同的位置

第 4 步：更改 .sh 文件的权限

$ chmod 750 startR.sh

第五步：执行.sh文件

$ sh startR.sh

如果一切顺利，它应该在输出下方打印。

在启动期间 - 警告消息： 1：设置 LC_COLLATE 失败，使用“C” 2：设置 LC_TIME 失败，使用“C” 3：设置 LC_MESSAGES 失败，使用“C” 4：设置 LC_MONETARY 失败，使用“C” 1“你好” r 示例运行

【讨论】：