【问题标题】:Specifiy version of R to run when running a script from bash指定从 bash 运行脚本时要运行的 R 版本
【发布时间】:2016-04-11 18:13:34
【问题描述】:

我正在尝试使用 Rscript 命令从 bash 脚本运行 R 脚本。我所在的集群有多个 R 版本,并告诉我:“错误:这是 R 版本 2.15.1。包 'raster' 需要 >= 3.0.0。有没有办法指定要运行的 R 版本Rscript 与?

#!/bin/sh
Rscript Test.R

【问题讨论】:

    标签: r bash rscript


    【解决方案1】:

    如果您不使用完整路径,那么它将运行在您的 $PATH 变量中首先找到的版本。解决方案是让您的路径以 R 目录开头,或者使用正确的路径(例如 'alias R=/opt/my/path/R')并使用 `shopt -s expand_aliases' 运行脚本

    【讨论】:

    • 最终只是从完整路径运行它。谢谢!
    • @MikeJewski 您标记了这个 bash,但您正在运行 /bin/sh。 shopt 是一个 bash 命令。我没有注意到您使用的外壳与您标记的外壳不同。
    • 我意识到,即使在放置 /bin/bash 之后,我也无法让它工作。这最终是因为我使用 qsub 命令将其提交到集群,并且必须手动设置它以使用 qsub -S /bin/bash 运行它。两种方式最终都奏效了!
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