从 R 中以 sudo 身份运行系统命令？答案

【问题标题】：Run a system command as sudo from R?从 R 中以 sudo 身份运行系统命令？
【发布时间】：2014-04-20 19:59:27
【问题描述】：

有时这有效，有时无效。这似乎取决于系统是否需要提示输入密码。更普遍的问题是：用户有没有办法从 R 中向 shell 命令提供输入？

system('sudo npm install gitbook -g')

请注意，我的具体情况是尝试安装 node.js 模块。但是，我认为您可以使用更简单的命令来复制它。

system('sudo mkdir testdir')

请注意，这有时会根据sudo 是否要求您重新输入密码而起作用。谢谢。

【问题讨论】：

这不是一个通用的解决方案，但您可以依赖gksudo（sudo 的图形界面）。
我建议看看man sudo，-A 选项可能对你有用。
你是如何运行 R 的？在我的终端中，如果我在通过system运行 sudo 时需要密码，系统会提示我输入密码
我正在通过 R Studio 运行 R。我认为如果我最近进行了身份验证（比如在终端中），那么我不会收到输入密码的提示。大多数时候我都这样做，这就是为什么这个功能不起作用。这并不重要，更多的是为了方便。如果有人知道其他一些可以做类似事情的软件包，那将会很有帮助。我扫描了 devtools 和 installR（但这确实适用于 Windows），没有发现任何有用的东西。

标签： r

【解决方案1】：

我可以提出两种不同的解决方案：

使用gksudo，它将在图形界面中提示用户输入密码。以下是它在实践中的工作原理：

system('gksudo ls')
- 专业版：
  - 它是安全的，您不必自己处理密码。
  - ....
- 缺点：
  - 如果没有图形界面，它将无法工作。
  - gksudo默认安装了我试过的linux品牌，但是YMMV：也许有些用户不会拥有它。
  - ....
在R 中询问用户密码，并为其提供正确的sudo 选项：-k 始终要求输入密码，-S 接受来自标准输入的密码。以下是它在实践中的工作原理：

system('sudo -kS ls',input=readline("Enter your password: "))
- 专业版：
  - 它不依赖任何其他程序。
  - ....
- 缺点：
  - 我不喜欢密码被R 操纵的想法：这看起来是个坏主意。
  - ....

除此之外，我不知道以任何方式与从R 开始的程序进行交互通信。

【讨论】：

【解决方案2】：

只是为了建立@Jealie 的回应。我相信 1. 不会在新版本的 ubuntu 中工作。

但我们可以让 Rstudio 处理密码：

system("sudo -kS ls", input = rstudioapi::askForPassword("sudo password"))

【讨论】：

【解决方案3】：

由于@jealie's answer 中提到的gksudo 实用程序不再维护（因此从 Ubuntu 18.04 开始缺失），因此必须依赖pkexec 而不是如here 所述：

system("pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY ls")

使用 R 的较新 system2() 函数的相同命令：

system2(command = "pkexec",
        args = "env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY ls",
        stdout = TRUE,
        stderr = TRUE)

要在一个密码提示符下按顺序运行多个命令，请将其与 sudo 和 bash -c '...' 结合使用：

system2(command = "pkexec",
        args = paste0("env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY bash -c ",
                      "'sudo mkdir somedir; sudo ls -1l; sudo rm -R somedir'"),
        stdout = TRUE,
        stderr = TRUE)

【讨论】：