如何在远程服务器上轻松执行 R 命令？

Question

我在 Windows 上的速度相当慢的桌面上使用 Excel + R。我对非常快的基于 Ubuntu 的服务器拥有完全的管理员权限。我想知道：如何在服务器上远程执行命令？

我可以做的是用saveRDS保存需要的变量，用loadRDS将它们加载到服务器上，在服务器上执行命令，然后保存结果并在Windows上加载它们。

但这都是非常互动和手动的，很难定期完成。

有没有办法直接从 R 中做这些事情，比如

1. 通过例如连接服务器ssh，
2. 传输需要的对象（可以手动指定）
3. 在服务器上执行给定的代码并等待结果
4. 获取结果。

我可以远程运行整个 R，但它会产生与网络相关的问题。我在 Excel 中执行的大多数 R 命令都非常快速且需要大量数据。我只需要远程执行一些特定的命令，而不是全部。

Answer 1

这是我的设置。

1. 使用 scp 复制您的代码和数据。 （我使用的是 github，所以我从 github 克隆了我的代码。这样做的好处是确保我的工作是可重现的）

2. （可选）使用 sshfs 将远程文件夹挂载到本地计算机上。这允许您使用本地文本编辑器而不是 ssh 命令行来编辑远程文件。

3. 将所有你想运行的东西放在一个 R 脚本中（在远程服务器上），然后在 R 批处理模式下通过 ssh 运行它。

Answer 2

有几个选项，最简单的是交换安全密钥以避免一直手动输入 SSH/SCP 密码。之后，您可以编写一个简单的 R 脚本：

1. 将必要的变量保存到数据文件中，
2. 使用scp上传数据文件到ubuntu服务器
3. 使用 ssh 运行远程脚本，该脚本将处理数据（您刚刚上传的数据）并将结果存储在另一个数据文件中
4. 同样，使用 scp 命令将结果传输回您的工作站。

您可以使用 R 的 system 命令运行带有必要选项的 scp 和 ssh。

另一种选择是在远程机器上设置集群工作者，然后您可以使用 clusterExport 导出数据并使用 clusterEvalQ 和 clusterApply 评估表达式。

Answer 3

还有几个选项： 1）您可以使用 Rserve 直接从 R 中执行这些操作。见：https://rforge.net/

请记住，Rserve 可以接受来自 R 客户端的连接，例如参见 how to connect to Rserve with an R client。

2) 您可以在您的 linux 机器上设置集群，然后从您的 windows 客户端使用这些集群设施。最简单的就是使用Snow，https://cran.r-project.org/package=snow，另见foreach 和许多其他集群库。