从 Rscript.exe 调用的 R 脚本故障排除

Question

我有一个在 RStudio 中运行良好的 R 脚本。我正在尝试使用 RScript.exe 安排它在 Windows 任务计划程序中定期运行。失败了。

然后我尝试从命令行运行它并注意到下面的错误。

D:\development\projects\SSCDAPOC\trunk\src\scripts>"C:\Program Files\R\R-3.2.2\bin\x64\Rscript.exe" batch_read_rss_selected.R
Loading required package: xml2
Error in as.vector(x, "list") :
  cannot coerce type 'environment' to vector of type 'list'
Calls: do.call ... <Anonymous> -> lapply -> as.list -> as.list.default
Execution halted

当我直接在 RStudio 中获取相同的脚本时，它工作得非常好。

关于如何调查和解决此问题的任何提示？

以下R会话信息以备使用：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Singapore.1252  LC_CTYPE=English_Singapore.1252   
[3] LC_MONETARY=English_Singapore.1252 LC_NUMERIC=C                      
[5] LC_TIME=English_Singapore.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rvest_0.3.1 xml2_0.1.2 

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] httr_1.0.0    selectr_0.2-3 R6_2.1.1      magrittr_1.5  tools_3.2.2   curl_0.9.4   
 [7] Rcpp_0.12.2   stringi_1.0-1 stringr_1.0.0 XML_3.98-1.3 

Answer 1

经过进一步搜索，我找到了两种方法来完成这项工作：

1. 我没有使用 Rscript.exe，而是强制输入到 R.exe。即代替 Rscript.exe batch_read_rss_selected.R 之前，我用过R.exe -f batch_read_rss_selected.R。这很有效，并且脚本中的每一行代码也都转储到屏幕上。
2. 更改脚本以明确包含 library(methods) 。从 R （在我的情况下为 RStudio IDE）中运行时，脚本似乎不需要此功能，但对于我的脚本，Rscript.exe 需要此功能。现在它在命令行和 R 环境中的执行方式相似。

Answer 2

我在任务计划程序中使用cmd 调用Rscript.exe，然后给它一个我的R 脚本的绝对路径，它进一步定义了输出到一个rmarkdown 文件。我应该注意，我还必须在我的计算机上安装 pandoc 才能使其工作 (https://pandoc.org/installing.html)。但是我现在有一个每天运行的 rmarkdown 报告，它直接从 MSAccess 数据库中提取数据，为我提供一个摘要，我可以发送给我的老板和员工。

代码：

program/script = cmd
additional argument =
/c C:/<yourpath>/Rscript.exe "C:/<yourpath>/run_report.R"

在 run_report.R 中我指定了输出：

rmarkdown::render("C:/<yourpath>/filename.Rmd", output_format= NULL,output_file="C:/yourpath>/filename.pdf", knit_root_dir=NULL, runtime="auto",  clean=TRUE, run_pandoc = TRUE, quiet=TRUE)