Snakemake：执行 R 脚本时忽略 Rprofile

Question

我在我的 snakemake 工作流程中执行 R 脚本时遇到了一些问题。似乎我的个人 .Rprofile 已加载到 R 脚本中。该作业在奇异容器中运行，问题是我自动在我的 R 配置文件中加载了一些未安装在容器中的包。我当然可以通过编辑我的 R 配置文件来解决这个问题，但是其他想要使用管道的人都必须这样做，这是我不喜欢的。有没有人知道如何解决这个问题？

谢谢！

Answer 1

你会发现Rscript：

$ Rscript
Usage: /path/to/Rscript [--options] [-e expr [-e expr2 ...] | file] [args]

--options accepted are
  --no-environ        Don't read the site and user environment files
  --no-site-file      Don't read the site-wide Rprofile
  --no-init-file      Don't read the user R profile
  --vanilla           Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file
                        --no-init-file and --no-environ

和R 有一些选项可以帮助您：

$ R --help

Usage: R [options] [< infile] [> outfile]
   or: R CMD command [arguments]

Start R, a system for statistical computation and graphics, with the
specified options, or invoke an R tool via the 'R CMD' interface.

Options:
  --no-environ          Don't read the site and user environment files
  --no-site-file        Don't read the site-wide Rprofile
  --no-init-file        Don't read the user R profile
  --vanilla   Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file,
      --no-init-file and --no-environ

（为简洁起见省略其他选项）

Answer 2

正如@hrbrmstr 已经建议的那样，--vanilla 是我想要使用的参数。但是，我无法找到一种方法在 snakemake 中传递此参数，同时仍将 R 脚本作为脚本运行（这具有在 R 环境中提供所有 snakemake 参数的优点）。相反，我去源代码并编辑了script.py文件.../lib/python3.6/site-packages/snakemake/script.py：

来自

shell("Rscript {f.name}", bench_record=bench_record)

到

shell("Rscript --vanilla {f.name}", bench_record=bench_record)

暂时有效。

干杯！