将 ipython 笔记本中 ggplot 的输出保存到文件答案

【问题标题】：Save output of ggplot in ipython notebook to file将 ipython 笔记本中 ggplot 的输出保存到文件
【发布时间】：2015-06-28 15:08:15
【问题描述】：

我想在 ipython notebook 中使用 ggplot。我使用 rmagic 将数组传入 R 并可以将其绘制到输出单元格。但是，将绘图保存到文件似乎不起作用。

%load_ext rpy2.ipython

新单元格。我的python数据叫做data。

%%R -i data
library(ggplot2)

df=data.frame(x=seq(1,length(data)),y=data)
pdf('plot.pdf')
ggplot(data=df, aes(x=x,y=y)) + geom_point()
dev.off()

当我单击文件 plot.pdf 时，我收到错误“文件无法打开。它可能已损坏或使用了 Preview 无法识别的文件格式。'

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 ipython-notebook

【解决方案1】：

如果打开特定设备（此处为 PDF 文件），您必须调用 print（就像您在非交互式 R 中拥有该代码一样）。

df=data.frame(x=seq(1,length(data)),y=data)
pdf('plot.pdf')
p <- ggplot(data=df, aes(x=x,y=y)) + geom_point()
print(p)
dev.off()

这可能比调用 ggsave 更明确，因为调用 ggsave 似乎猜测有多个绘图时应该绘制什么。

【讨论】：

谢谢。这就是我一直在寻找的答案。我不明白我需要明确输出情节。这是有道理的。
在 R 控制台（交互式 R）中，调用返回的 ggplot 对象将打印自身（即在自身上调用通用 print）。我认为您还需要批量显式打印（非交互式）R。

【解决方案2】：

试试这个：

df <- data.frame(x=seq(1,length(data)),y=data)
ggplot(data=df, aes(x=x,y=y)) + geom_point()
ggsave('plot.pdf', width=8.27, height= 11.69) #A4 size in inches
dev.off()

【讨论】：