是否有查找跨库文件夹重复的包的功能？答案

【问题标题】：Is there a function to find packages duplicated across library folders?是否有查找跨库文件夹重复的包的功能？
【发布时间】：2018-11-27 09:56:57
【问题描述】：

我正在维护一个经常更新包的openCPU (R API) 实例。 OpenCPU（明智地）将自己的核心包分开到不同的文件夹中，这样它们就不会意外地与已安装的版本脱离同步。

但是，这可能会导致在用户文件夹中安装重复的软件包，当 openCPU API 尝试卸载并重新附加软件包以获得更新版本时，这又会导致错误。我在尝试更新软件包时经常会导致这些问题。

我通常使用这个 sn-p 来检查它们。

ocpubasics <- rownames(installed.packages(lib.loc ="/usr/lib/opencpu/library"))
userpkgs <- rownames(installed.packages(lib.loc="/usr/local/lib/R/site-library"))
(dupe_pkgs <- userpkgs[ userpkgs %in% ocpubasics])
remove.packages(dupe_pkgs, lib="/usr/local/lib/R/site-library")

但是，这并不能涵盖所有情况（因为它们是五个库路径），并且还会删除与版本不匹配的重复项（这不会真正造成伤害，并且有时是安装软件包所必需的）。所以，我想知道是否有人编写了一个函数，给定一个库路径向量，检查是否有任何包在不同的库路径中安装了不匹配的版本。

【问题讨论】：

标签： r opencpu

【解决方案1】：

我最终编写了以下代码；也许它对其他人有用。

旧包可以隐藏在任何库中

.libPaths(c( "/usr/local/lib/opencpu/site-library", 
                         "/usr/local/lib/R/site-library",
                         "/usr/lib/R/site-library",
                         "/usr/lib/R/library",   
                        "/usr/lib/opencpu/library"  ))

获取重复包列表

library(tidyverse)
pkgs <- installed.packages()
pkgs <- as.data.frame(pkgs)

dupes <- pkgs %>% select(Package, Version, LibPath) %>% 
    group_by(Package) %>% 
    filter(n_distinct(Version, na.rm = TRUE) > 1)

查看哪个版本安装在哪个库中

dupes %>% 
    spread(LibPath, Version) %>% 
    knitr::kable()

删除旧版本的所有重复项

dupes %>% 
    group_by(Package) %>% 
    arrange(desc(Version)) %>% 
    filter(Version != first(Version)) %>% 
    purrr::pmap(~ remove.packages(..1, ..3))

【讨论】：