从 php 网页运行 R 脚本答案

【问题标题】：Running R script from php webpage从 php 网页运行 R 脚本
【发布时间】：2015-02-12 14:40:13
【问题描述】：

我正在尝试构建一个允许用户运行 R 脚本的 php 文件，这样他们就不需要在服务器中打开会话，只需打开浏览器即可。

脚本中的通常 bash 运行良好（比如回显“某物”，复制和移动数据文件，...），但 R 脚本没有运行。 R 用 Rscript 调用

Rscript --no-save --no-restore --verbose ./RAMS-mapa-onades-zones-manual.R > outputFile.Rout 2>&1

R 输出给出此错误

running
  '/usr/lib/R/bin/R --slave --no-restore --no-save --no-restore'

Error in library("rgdal") : there is no package called 'rgdal'
Execution halted

好吧，library(rgdal) 是 R 脚本的第一行。 Rgdal 存在于 R 安装中，并且脚本从命令行运行良好（Rscript myscript.R）。

从php开始，运行R的用户是www-data，而在终端上用户是meteo。在我看来，需要在 php Rscript 执行中设置一些环境变量，但我找不到方法。

有什么想法吗？提前致谢

【问题讨论】：

我不知道，但是...我要检查的第一件事是...但是脚本正在运行，在任何用户的任何环境中，都可以访问相同的环境变量并且知道库路径。（或其他）似乎没有在该范围内定义的东西，也许。我会尝试在没有任何库的情况下运行一些东西......比如打印语句或其他东西。
作为第一个猜测 - 机器上可能有多个 R 安装？检查library() 上的lib.loc 参数。
@LauriK library() 报告 /home/meteo/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1、/usr/local/lib/R/site-library 和 /usr/lib/R/library 中的包和警告 In library() : library ‘/usr/lib/R/site-library’ contains no packages

标签： php r bash

【解决方案1】：

似乎我们在 cmets 中找到了根本原因。库路径不匹配，但您可以通过 lib.loc 参数使它们与 library() 匹配。像这样：

library(rgdal, lib.loc = c("/home/meteo/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1", "/usr/local/lib/R/site-library", "/usr/lib/R/library"))

【讨论】：

嗨@Laurik，你是对的。 lib.loc 有问题。添加您的建议带来了另一个问题，错误消息说当 rgdal 加载需要时 sp 不可用。最后，我将所有 R 库位置链接到 /usr/lib/R/site-library，现在 R 脚本运行良好。非常感谢