【问题标题】:Combine multiple facet strips across columns in ggplot2 facet_wrap在 ggplot2 facet_wrap 中跨列组合多个刻面条
【发布时间】:2020-06-30 07:27:01
【问题描述】:

我正在尝试跨两个相邻面板组合小平面条(总是有两个相邻的具有相同的第一个 ID 变量,但有两种不同的场景,我们称它们为“A”和“B”)。我并不特别喜欢我尝试过的gtable + grid 解决方案,但遗憾的是我无法使用ggh4x 软件包中的facet_nested()(由于存在各种限制,我无法将它安装在我公司的服务器上和需要的依赖项 - 我只使用了相关代码,但由于依赖项,这又不容易)。

一个基本情节的最小可行示例,我希望通过组合顶部刻面条来指示哪些面板“属于一起”,使其更易于阅读,如下所示:

library(tidyverse)
library(gtable)
library(grid)

idx = 1:16

p1 = expand_grid(id=idx, id2=c("A", "B"), x=1:10) %>%
  mutate(y=rnorm(n=n())) %>%
  ggplot(aes(x=x,y=y)) +
  geom_jitter() +
  facet_wrap(~id + id2, nrow = 4, ncol=8)

带有“1”的条带、带有“2”的条带等应该合并(实际上它是一个稍长的文本,但这只是为了说明)。我试图为类似情况调整答案(https://stackoverflow.com/a/40316170/7744356 - 谢谢@markus 再次找到它),但这是我尝试过的。正如你在下面看到的,我产生的高度似乎是错误的。我认为这一定是我忽略/不理解的一些微不足道的事情。

# Combine strips for a ID
g <- ggplot_gtable(ggplot_build(p1))
strip <- gtable_filter(g, "strip-t", trim = FALSE)
stript <- which(grepl('strip-t', g$layout$name))
  
stript2 = stript[idx*2-1]
top <- strip$layout$t[idx*2-1]
# # Using the $b below instead of b = top[i]+1, also seems  not to work
#bot <- strip$layout$b[idx*2-1] 
l   <- strip$layout$l[idx*2-1]
r   <- strip$layout$r[idx*2]
  
mat   <- matrix(vector("list",
                       length = length(idx)*3),
                nrow = length(idx))
mat[] <- list(zeroGrob())

res <- gtable_matrix("toprow", mat,
                     unit(c(1, 0, 1), "null"),
                     unit( rep(1, length(idx)),
                           "null"))

for (i in 1:length(stript2)){
  if (i==1){
    zz <- res %>% 
      gtable_add_grob(g$grobs[[stript2[i]]]$grobs[[1]], 1, 1, 1, 3) %>%
      gtable_add_grob(g, ., 
                      t = top[i],  
                      l = l[i],  
                      b = top[i]+1,  
                      r = r[i], 
                      name = c("add-strip")) 
  } else {
    zz <- res %>% 
      gtable_add_grob(g$grobs[[stript2[i]]]$grobs[[1]], 1, 1, 1, 3) %>%
      gtable_add_grob(zz, ., 
                      t = top[i],  
                      l = l[i],  
                      b = top[i]+1,  
                      r = r[i], 
                      name = c("add-strip"))
  } 
}

grid::grid.draw(zz)


------------ 使用 ggh4x 实现进行更新 -----

这可能会解决许多此类问题,但也有其缺点(例如,跨行的轴对齐有点手动,可能需要手动删除 x 轴并确保限制相同,添加统一的 y 轴标签,需要从 github 安装一个包:devtools::install_github("teunbrand/ggh4x@v0.1") 用于特定版本,另外,cowplot 与例如 ggtern 的交互很差)。所以我会喜欢它,如果有人仍然设法做一个纯粹的gtable + grid 版本。

library(tidyverse)
library(ggh4x)
library(cowplot)

plots = expand_grid(id=idx, id2=c("A", "B"), x=1:10) %>%
  mutate(y=rnorm(n=n()),
         plotrow=(id-1)%/%4+1) %>%
  group_by(plotrow) %>%
  group_map( ~ ggplot(data=.,
                      aes(x=x,y=y)) +
               geom_jitter() +
               facet_nested( ~ id + id2, ))
            
plot_grid(plotlist = plots, nrow = 4, ncol=1)

【问题讨论】:

  • @markus 谢谢! ZNK 对这个问题的回答正是我在这里尝试(但失败)适应的答案(而 teunbrand 使用 facet_nested 的第一个答案可以解决我的问题,但需要安装 ggh4x 包)。
  • @Björn 抱歉,这与您的问题无关,但您能告诉我这些依赖限制吗?我试图将 ggh4x 的导入限制为仅必需品,但 ggh4x 建议的软件包只能在使用它们的函数中调用,因此无需安装它们。回到您的问题,facet_nested() 的作用类似于facet_grid() 而不是facet_wrap(),所以我认为这不会解决您的问题。
  • @teunbrand 这很尴尬。上次安装似乎出了点问题,但我使用devtools::install_github("teunbrand/ggh4x@v0.1", force=T) 重复了它(我使用版本 v0.1,因为我们的服务器上只有 ggplot2 v3.2.1 并且对用户可以安装的内容有很多限制 +要求用户检查他们安装的内容,所以我不涉及 tidyverse 升级),它运行良好。但是,正如你所说,我无法获得多行刻面条。我想我可以为每一行做一个单独的图,并将它们放在一起(例如使用拼凑)。
  • @Björn 是的,这似乎是一个合理的解决方案。感谢您对限制的解释,这对我很有帮助。我也考虑过制作一个facet_wrap() 版本,但是分面代码对编程来说太可怕了,所以我决定推迟它,直到有人开始要求它。无论如何,如果您无法安装新添加的内容,那也无法解决您的问题。

标签: r ggplot2 facet r-grid gtable


【解决方案1】:

我玩这个游戏有点晚了,但是 ggh4x 现在有一个 facet_nested_wrap() 实现,应该可以大大简化这个问题(免责声明:我写了 ggh4x)。

library(tidyverse)
library(ggh4x)

idx = 1:16

p1 = expand_grid(id=idx, id2=c("A", "B"), x=1:10) %>%
    mutate(y=rnorm(n=n())) %>%
    ggplot(aes(x=x,y=y)) +
    geom_jitter() +
    facet_nested_wrap(~id + id2, nrow = 4, ncol=8)
p1

reprex package (v0.3.0) 于 2020-08-12 创建

请记住,这可能仍然存在一些错误。另外,我知道这对 OP 没有帮助,因为他的包版本受到限制,但我想我还是在这里提到了这一点。

【讨论】:

  • 这太好了,谢谢分享!关于扩展strip.position = 以允许顶部和侧面的一些条带的任何想法?顺便说一句,您可能知道,在发布指向您所属资源的链接时,您是 expected 以在帖子中披露您的从属关系。可能值得edit 发布您的帖子以包含您的隶属关系。
  • 是的,这个想法闪过我的脑海,但我还没有时间想出好的解决方案来指定和实施它。我对你评论的第二部分有点困惑。我的意思是,是的,我写了这个包,但我会在一些空闲时间处理它。我不是为企业或公司写的。您认为我编辑的免责声明是否足够?
  • 是的,该免责声明是完美的(this Meta post 探讨了每个隶属关系都需要披露的论点)。再次感谢!
【解决方案2】:

这是在网格中执行此操作的一种行人方式的代表。为了强调嵌套,我将“父级”刻面调暗了一些,但如果您更喜欢匹配的颜色,只需将 rectGrob 填充颜色更改为“gray85”即可。


#按照示例设置绘图

library(tidyverse)
library(gtable)
library(grid)

idx = 1:16

p1 = expand_grid(id=idx, id2=c("A", "B"), x=1:10) %>%
  mutate(y=rnorm(n=n())) %>%
  ggplot(aes(x=x,y=y)) +
  geom_jitter() +
  facet_wrap(~id + id2, nrow = 4, ncol=8)

g <- ggplot_gtable(ggplot_build(p1))

# 生成分面条的代码

stript <- grep("strip", g$layout$name)

grid_cols <- sort(unique(g$layout[stript,]$l))
t_vals <- rep(sort(unique(g$layout[stript,]$t)), each = length(grid_cols)/2)
l_vals <- rep(grid_cols[seq_along(grid_cols) %% 2 == 1], length = length(t_vals))
r_vals <- rep(grid_cols[seq_along(grid_cols) %% 2 == 0], length = length(t_vals))
labs   <- levels(as.factor(p1$data$id))

for(i in seq_along(labs))
{
  filler <- rectGrob(y = 0.7, height = 0.6, gp = gpar(fill = "gray80", col = NA))
  tg    <- textGrob(label = labs[i], y = 0.75, gp = gpar(cex = 0.8))
  g     <- gtable_add_grob(g, filler, t = t_vals[i], l = l_vals[i], r = r_vals[i], 
                           name = paste0("filler", i))
  g     <- gtable_add_grob(g, tg, t = t_vals[i], l = l_vals[i], r = r_vals[i], 
                           name = paste0("textlab", i))
}

grid.newpage()
grid.draw(g)

并演示将rectGrob 更改为 50% 高度和“gray85”:

或者,如果您愿意,可以为循环的每个循环分配不同的填充:

显然,上述方法可能需要进行一些调整以适应具有不同级别等数量的其他图。

reprex package (v0.3.0) 于 2020-07-04 创建

【讨论】:

    【解决方案3】:

    也许这不能解决问题,但我想发布,因为它可以帮助在保持相同结构的不同情节中呈现结果。您必须在plot_layout(ncol = 4) 中定义绘图的列数。此代码使用patchwork 包。希望这可以有用。

    library(tidyverse)
    library(gtable)
    library(grid)
    library(patchwork)
    
    idx = 1:16
    
    #Data
    
    p1 = expand_grid(id=idx, id2=c("A", "B"), x=1:10) %>%
      mutate(y=rnorm(n=n()))
    
    #Split data
    List <- split(p1,p1$id)
    #Sketch function
    myplot <- function(x)
    {
      d <- ggplot(x,aes(x=x,y=y)) +
        geom_jitter() +
        facet_wrap(~id2, nrow = 1, ncol=2)+
        ggtitle(unique(x$id))+
        theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
      return(d)
    }
    
    #List of plots
    Lplots <- lapply(List,myplot)
    #Concatenate plots
    #Create chain for plots
    chain <- paste0('Lplots[[',1:length(Lplots),']]',collapse = '+')
    #Evaluate the object and create the plot
    Plot <- eval(parse(text = chain))+plot_layout(ncol = 4)+
      plot_annotation(title = 'A nice plot')&theme(plot.title = element_text(hjust=0.5))
    #Display
    Plot
    

    你最终会得到这样的情节:

    【讨论】:

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