ggplot rcolorbrewer 扩展并应用于因子数据

Question

紧迫的最后期限意味着我已经没有时间来解决这个问题了，如果之前有人问过，我深表歉意。

我不知道如何（或者如果可能的话）将稍微扩展的 RColorBrewer 调色板应用到 ggplot 线图中的因子数据。

我有以下 3 个变量数据（很多数据点，所以我不会在这里全部粘贴），在一个已经融化的数据框中。

> head(spec.melt)
  Temperature Wavelength CD_Intensity
1          20        260    0.0807910
2          25        260    0.3019320
3          30        260    0.1363325
4          35        260    0.0000000
5          40        260    0.1354045
6          45        260    0.0000000
... # tail(spec.melt)
     Temperature Wavelength CD_Intensity
5635          65        185    0.2499200
5636          70        185    2.5051893
5637          75        185    0.4399785
5638          80        185    4.4368350
5639          85        185    2.0015100
5640          90        185    2.8696540

对于每个温度 (25-90)，进行波长扫描 (260nm-190nm)，收集 CD 强度，因此有 15 个 260-190nm 测量的光谱折叠在这个 df 中。

到目前为止，我可以很好地绘制这个，并且应用了默认的 ggplot 主题。由于系列数据将是温度，我想使用显示这一点的主题（例如 RColorBrewers "RdYlBu"）为它们着色。

我有 15 个温度，默认情况下“RdYlBu”是 11 个色谱。

这是我的代码：

# Import spectrum data
spectrum.obj <- read.table(spectrum,
                           sep = ",",
                           header = TRUE,
                           row.names = 1,
                           check.names = FALSE)

spec.melt <- melt(t(spectrum.obj), value.name = "CD_Intensity", varnames=c("Temperature","Wavelength"))



# # Plot and customise spectrum space
spectrum.img <- ggplot(spec.melt, aes(x=Wavelength, y=CD_Intensity, group=factor(Temperature)))
spectrum.img <- spectrum.img + geom_line(aes(color=factor(Temperature)))
# Axis titles
spectrum.img <- spectrum.img + ylab("CD Intensity (mdeg)") +
                               xlab("Wavelength (nm)") + 
                                guide_legend(title="my awesome title")
# Make transparent
spectrum.img <- spectrum.img + theme_bw()
spectrum.img <- spectrum.img + theme(legend.position = "bottom",
                                     legend.title = element_text("test"),
                                     plot.background = element_blank(),
                                     panel.background = element_blank(),
                                     legend.background = element_blank())



spectrum.img

目前，如果我将 geom_line(aes(color=factor(Temperature))) 更改为其他任何内容，它就会中断。

对于奖励积分，如果有人能告诉我为什么 legend.title 没有产生任何很棒的东西，目前，我被“因素（温度）”所困扰

编辑： 这是原始数据（CSV 格式） https://pastebin.com/ZwtvU8Kq

Answer 1

我特别建议不要使用 RdYlBu，因为它是一个不同的调色板。这会使您偏向规模的高端和低端。相反，请尝试使用类似 YlOrRd 的感知统一调色板，甚至更好，来自viridis 包的调色板。

您可以通过保留colour = Temperature 和group = Temperature（不 factor(Temperature)）在代码中使用它们。然后使用scale_color_distiller(palette = "YrOrRd") 或scale_color_viridis()。

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最后，要修复你的标签，使用类似这样的东西要容易得多：

ggplot(...) + ... + 
  labs(x = "Wavelength (nm)",
       y = "CD Intensity (mdeg)",
       color = "Temperature",
       title = "My title")

Answer 2

这不能回答您的确切问题，但如果您正在寻找的只是三种颜色之间的渐变，您可以生成手动比例：

colours <- colorRampPalette(c("blue", "yellow", "red"))(15)

您可以修改颜色的确切版本（深红色与红色）以稍微调整此比例。然后，只需使用通常的：

scale_color_manual("Awesome title", 
                   labels = as.character(seq(20, 90, length.out = 15)),                  
                   values = colours)

我无法在没有数据的情况下运行您的代码，但是如果您摆脱其他图例标题代码，这应该可以修复您的图例标题。

更新：

以下代码适用于您的代码 (ggplot2 2.2.1)：

library(reshape)
library(ggplot2)

# Import spectrum data
spectrum.obj <- read.table('test.csv',
                           sep = ",",
                           header = TRUE,
                           row.names = 1,
                           check.names = FALSE)

spec.melt <- melt(t(spectrum.obj), varnames=c("Temperature","Wavelength"))

# # Plot and customise spectrum space
spectrum.img <- ggplot(spec.melt, aes(x=Wavelength, y=value, group=factor(Temperature)))
spectrum.img <- spectrum.img + geom_line(aes(color=factor(Temperature)))

# Changing colour
colours <- colorRampPalette(c("blue", "yellow", "red"))(15) 
spectrum.img <- spectrum.img + 
                scale_color_manual("Awesome title", 
                                   labels = as.character(seq(20, 90, length.out = 15)),                  
                                   values = colours)

# Axis titles
spectrum.img <- spectrum.img + ylab("CD Intensity (mdeg)") +
                               xlab("Wavelength (nm)")

# Make transparent
spectrum.img <- spectrum.img + theme_bw()
spectrum.img <- spectrum.img + theme(legend.position = "bottom",
                                     plot.background = element_blank(),
                                     panel.background = element_blank(),
                                     legend.background = element_blank())