！未定义的控制序列。使用 R/Rmarkdown/knitr答案

【问题标题】：! Undefined control sequence. with R/Rmarkdown/knitr！未定义的控制序列。使用 R/Rmarkdown/knitr
【发布时间】：2023-03-05 02:56:02
【问题描述】：

我是新来的，但我在 R 上花了几个小时。我正在使用 R 包 Drake 和 knitr 的组合。但是我对 Rmarkdown 文件有一个错误。我的结构与 drake 示例 (https://github.com/ropensci/drake) 类似，我在其中加载数据，制作图表，然后绘制图表和统计分析的汇总表（使用 R 包 kableextra）。

当我选择一个 .tex 文件时一切正常，在我的 Rmarkdown 文件中有以下几行

  output: latex_document

  tables: true
  graphics: yes

并在德雷克计划中

report = rmarkdown::render(
knitr_in("Reports/report.Rmd"),
output_file = "report.tex")

但是当我想将编译后的 pdf 文件作为 rmarkdown 标头的以下行作为输出时：

output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex

tables: true
graphics: yes

和德雷克

report = rmarkdown::render(
knitr_in("Reports/report.Rmd"),
output_format = "pdf_document",
output_file = "report.pdf")

我收到一条错误消息：

`! Undefined control sequence.
<template> ...\hskip 1sp\d@llarbegin \columncolor 
                                                  [HTML]{BBBBBB}\ignorespaces 
l.178 \em{Predictors} & \em
                           {Coefficients} & \em{SE} & \em{P-value} & \em{Coe...

x fail report
Erreur : target report failed.
diagnose(report)$error$message:
  LaTeX failed to compile report.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for     debugging tips. See report.log for more info.`

所以我在网上搜索了这个错误，然后上亿辉的网站。我从我的计算机上卸载了所有 TexLive，我已经卸载并重新安装了 rmarkdown 和 tinytex。但它不工作，仍然有这个错误。错误发生在 kableextra 包中的表之前。所以我发现其他人说添加options(kableExtra.latex.load_packages = FALSE) 可能会有所帮助，或者在rmarkdown 的标题上添加booktabs̀ 和makecell。但它仍然不起作用：-/我错过了任何想法或潜在链接？

更新可复制示例

---
title: "Knitr and analysis"
author: "VJ"

output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex
    
tables: true
graphics: yes
---

# Example


```{r content, echo = FALSE, include=FALSE}
#tinytex::install_tinytex()
# output:
#   pdf_document: 
#     latex_engine: xelatex
#pdf_document or latex_document
#latex_engine: xelatex
library(glmmTMB)
library(tinytex)
library(drake)
library(tidyverse)
library(pander)
#options(kableExtra.latex.load_packages = FALSE)
library(kableExtra)
options(kableExtra.latex.load_packages = FALSE)
data("iris")
```


```{r analysis qty, echo = FALSE}
    #outputs table from four model 

fitFc = glmmTMB(Sepal.Width ~ Petal.Length +
                      Species, 
                    iris,
                    family = gaussian)



fitFc1 <- as.data.frame(coef(summary(fitFc))$cond) 
varname1 <- c("Intercept", "PL", "Plant 1 - Versicolor", "Plant 2 - Virginica")
fitFc1 <- cbind(varname1,fitFc1)
rownames(fitFc1) <- NULL

m1 <- fitFc1 %>% select(1,2,3,5) %>% 
  rename("Predictors" = 1,
         "Coefficients" = 2,
         "SE" = 3,
         "pvalue" = 4) %>% 
  mutate(pvalue = format.pval(pvalue, eps = .001, digits = 1)) %>% 
  mutate_at(vars(-pvalue, -Predictors), ~round(., 2))


#bold significant pvalue and then create output summary from glmm
m1$pvalue<- cell_spec(m1$pvalue, bold = ifelse(m1$pvalue< 0.05, TRUE, FALSE))

kable(m1, format = "latex", booktabs = T, caption = "Summary of linear model (LMMs).",
      col.names = c("Predictors",
                    "Coefficients",
                    "SE",
                    "P-value"), escape = F) %>% 
  kable_styling(latex_options = c("hold_position")) %>% 
  column_spec(2:4,background = "#BBBBBB") %>% 
  kable_styling() %>%
  add_header_above(c(" " = 1, "LMM1" = 3), bold = T) %>% 
  row_spec(0, bold = FALSE, italic = T)

```

这里是我的 sessionInfo() 的详细信息

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=fr_FR.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=fr_FR.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=fr_FR.UTF-8     LC_MONETARY=fr_FR.UTF-8    LC_MESSAGES=fr_FR.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=fr_FR.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=fr_FR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] kableExtra_1.1.0 tinytex_0.25     pander_0.6.3     sjstats_0.18.0   sjPlot_2.8.4    
 [6] glmmTMB_1.0.2.1  lmerTest_3.1-2   lme4_1.1-23      Matrix_1.2-18    ggeffects_0.15.1
[11] effects_4.2-0    carData_3.0-4    cowplot_1.0.0    forcats_0.5.0    stringr_1.4.0   
[16] dplyr_1.0.0      readr_1.3.1      tidyr_1.1.0      tibble_3.0.1     ggplot2_3.3.2   
[21] tidyverse_1.3.0  drake_7.12.4     purrr_0.3.4     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] minqa_1.2.4         colorspace_1.4-1    ellipsis_0.3.1      sjlabelled_1.1.6   
 [5] estimability_1.3    parameters_0.8.2    fs_1.4.2            rstudioapi_0.11    
 [9] farver_2.0.3        fansi_0.4.1         mvtnorm_1.1-1       lubridate_1.7.9    
[13] xml2_1.3.2          splines_4.0.2       knitr_1.29          sjmisc_2.8.5       
[17] jsonlite_1.7.0      nloptr_1.2.2.2      broom_0.5.6         dbplyr_1.4.4       
[21] effectsize_0.3.2    compiler_4.0.2      httr_1.4.1          emmeans_1.4.8      
[25] backports_1.1.8     assertthat_0.2.1    survey_4.0          cli_2.0.2          
[29] htmltools_0.5.0     prettyunits_1.1.1   tools_4.0.2         igraph_1.2.5       
[33] coda_0.19-3         gtable_0.3.0        glue_1.4.1          Rcpp_1.0.5         
[37] cellranger_1.1.0    vctrs_0.3.1         nlme_3.1-147        insight_0.9.0      
[41] xfun_0.16           rvest_0.3.5         lifecycle_0.2.0     statmod_1.4.34     
[45] MASS_7.3-51.6       scales_1.1.1        hms_0.5.3           parallel_4.0.2     
[49] TMB_1.7.18          RColorBrewer_1.1-2  yaml_2.2.1          stringi_1.4.6      
[53] bayestestR_0.7.2    filelock_1.0.2      boot_1.3-25         storr_1.2.1        
[57] rlang_0.4.7         pkgconfig_2.0.3     evaluate_0.14       lattice_0.20-41    
[61] labeling_0.3        tidyselect_1.1.0    magrittr_1.5        R6_2.4.1           
[65] generics_0.0.2      base64url_1.4       txtq_0.2.3          DBI_1.1.0          
[69] mgcv_1.8-31         pillar_1.4.4        haven_2.3.1         withr_2.2.0        
[73] survival_3.2-3      nnet_7.3-14         performance_0.4.8   modelr_0.1.8       
[77] crayon_1.3.4        utf8_1.1.4          rmarkdown_2.3.3     progress_1.2.2     
[81] grid_4.0.2          readxl_1.3.1        blob_1.2.1          reprex_0.3.0       
[85] digest_0.6.25       webshot_0.5.2       xtable_1.8-4        numDeriv_2016.8-1.1
[89] munsell_0.5.0       viridisLite_0.3.0   mitools_2.4```

【问题讨论】：

如果您在drake 之外运行报告，是否也会遇到同样的错误？
另外，查看您正在使用的完整 Reports/report.Rmd 文件会有所帮助。相关：stackoverflow.com/questions/5963269/…
我已经更新了我的请求。不知道为什么，但我无法添加“块”代码，它就在“#example”之后直到结束
谢谢，这有助于缩小范围。我还格式化了 R Markdown 源代码（缩进 4 个空格）并删除了 drake-r-package 标签，因为错误似乎不是来自 drake。
报告在我这边编译得很好，所以我不确定我是帮助解决 LaTeX 问题的最佳人选，但我认为向其他人提供您的系统信息会有所帮助：操作系统、sessionInfo()、LaTeX 的版本等。如果您不手动设置 LaTeX 引擎，您可能还会看到会发生什么。当我删除 xelatex 时，报告仍然运行良好。

标签： latex r-markdown knitr kableextra pander

【解决方案1】：

当我收到此类问题时，我尝试做的第一件事是在drake 之外的 R 控制台中重现错误。通常，这些类型的错误不是由于drake 本身，而是因为drake 需要您编写额外的自定义代码。在这种情况下，报表使用 RStudio IDE 中的 Knit 按钮运行，但不使用 rmarkdown::render("report.Rmd")。这让我相信问题出在报告中，我们的 TeX 配置，tinytex、kable、kableExtra 或 pander。我建议将此问题重新发布为 R Markdown/LaTeX 问题而不是 drake 问题，以便您可以找到合适的人来帮助您。

详细说明我的尝试：

当我在 RStudio IDE 中按下 Knit 按钮时，报表会正常运行并生成一个外观合理的 report.pdf 文件。
当我在drake 之外的 R 控制台中使用rmarkdown::render("report.Rmd") 运行报告时，我得到"! Undefined control sequence. <template> ...\hskip 1sp\d@llarbegin \columncolor [HTML]{BBBBBB}\ignorespaces"。
当我注释掉 column_spec(2:4,background = "#BBBBBB") 并再次运行 rmarkdown::render("report.Rmd") 时，我收到一个新错误："! Extra alignment tab has been changed to \cr. <recently read> \endtemplate。

另一件事：R 社区正试图淘汰 iris 数据集，因为它与优生学研究有关：https://armchairecology.blog/iris-dataset/、https://www.garrickadenbuie.com/blog/lets-move-on-from-iris/。请尽可能避免。一个很好的替代品是penguins 数据集：https://github.com/allisonhorst/palmerpenguins。这是您的报告的一个版本，它使用penguins 而不是iris。

---
title: "Knitr and analysis"
author: "VJ"
output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex
tables: true
graphics: yes
---

# Example

```{r content, echo = FALSE, include=FALSE}
library(glmmTMB)
library(tinytex)
library(drake)
library(tidyverse)
library(pander)
library(kableExtra)
options(kableExtra.latex.load_packages = FALSE)
library(palmerpenguins)
```

```{r analysis qty, echo = FALSE}
fitFc <- glmmTMB(bill_length_mm ~ bill_depth_mm + species, penguins, family = gaussian)
fitFc1 <- as.data.frame(coef(summary(fitFc))$cond) 
fitFc1$variable <- rownames(fitFc1)
rownames(fitFc1) <- NULL
m1 <- fitFc1 %>%
  select(variable, everything()) %>%
  select(1,2,3,5) %>% 
  rename("Predictors" = 1, "Coefficients" = 2, "SE" = 3, "pvalue" = 4) %>% 
  mutate(pvalue = format.pval(pvalue, eps = .001, digits = 1)) %>% 
  mutate_at(vars(-pvalue, -Predictors), ~round(., 2))
m1$pvalue <- cell_spec(m1$pvalue, bold = ifelse(m1$pvalue< 0.05, TRUE, FALSE))
kable(
  m1,
  format = "latex",
  booktabs = T,
  caption = "Summary of linear model (LMMs).",
  col.names = c("Predictors", "Coefficients", "SE", "P-value"), escape = F) %>% 
  kable_styling(latex_options = c("hold_position")) %>% 
  column_spec(2:4,background = "#BBBBBB") %>% 
  kable_styling() %>%
  add_header_above(c(" " = 1, "LMM1" = 3), bold = T) %>% 
  row_spec(0, bold = FALSE, italic = T)
```

【讨论】：

感谢您的帮助。当我们从 kableextra 中删除表时，它可以工作，因此错误可能来自 kableextra。也许我忘记了脚本中的某些内容？
您会将讨论转移到 kableextra GitHub 页面上的问题还是关于 kableextra 的新 StackOverflow 问题？我们现在有一个较小的可重现示例，并且我们已经确定德雷克不是问题的一部分，所以我认为后续应该在不同的帖子中继续。你会从比我更了解 kableextra 的人那里得到帮助。

【解决方案2】：

所以，我把我的请求放在了 GitHub 上，感谢 Hao Zhu 终于解决了！

我做了什么：

删除options(kableExtra.latex.load_packages = FALSE)
用devtools::install_github("haozhu233/kableExtra")更新kableExtra包v1.2
重新启动我的 R 会话
运行

report = rmarkdown::render(
    #envir = new.env(),  
    knitr_in("Reports/report.Rmd"),
    output_format = "pdf_document",
    output_file = "report.pdf")

请注意，如果您更新软件包，无论是否使用 envir = new.env() ，它都应该可以工作

查看原始答案：https://github.com/haozhu233/kableExtra/issues/501

【讨论】：

【解决方案3】：

我有一个类似的（“LaTeX 无法编译 .tex”和“！未定义的控制序列”）问题编织成 PDF（虽然不是 .docx），但不涉及kableextra，所以，我认为它可以分享一下我的情况是如何解决的，这是一个好主意...

我有：

   knitr::opts_chunk$set(
        echo = FALSE,
        message = FALSE,
        collapse=FALSE,
        warning = FALSE,
        results='asis'
    )

正在尝试在循环中包含一些字幕...在多个位置（例如 here 或 here）列出的解决方案（例如更新软件包或重新安装 TinyTeX）均未奏效...

我注意到您的案例的错误消息中有一个“忽略空格”，another question，“|”，对我来说，类似“\n”...所以，我意识到它可能与格式化和新行定义...

所以，经过一些尝试，我发现results='asis' 造成了所有麻烦......删除它解决了。

【讨论】：